Samkvæmt dómstólnum mátti ráðherrann ekki byggja ákvörðun sína á efnahagslegum sjónarmiðum samkvæmt evrópskri löggjöf (eins og bændurnir kröfðust), heldur aðeins vistfræðilegum og náttúruvísindalegum. Dómstóllinn taldi að búsvæði hafi þegar verið tekin inn í gildandi Natura2000 löggjöf, en að náttúruleg staða þeirra gæti hafa versnað á undanförnum árum.
Í slíku tilfelli gæti yfirvöld verið gagnrýnd af ESB ef brotið er á svokölluðu banni gegn versnun og ráðherrann gerir ekkert í því.
Mótmæli gegn ákvörðun ráðherrans voru lögð fram um allt Holland hjá ýmsum dómstólum. Dómstóllinn í Arnhem fékk til meðferðar um 70 mál í miðjum mars í nokkrum þingum. Flest mál voru lögð fram af bændum sem hræddust um afleiðingar uppfærslunnar. Einnig lagði samtök Leefmilieu fram andmæli til að koma í veg fyrir að vernd Natura2000 svæðanna yrði rýmkuð.
Dómstóllinn viðurkennir í dóminum að skilja áhyggjur (bændafyrirtækjanna) af áhrifum ákvörðunarinnar á rekstur þeirra. Margir þeirra sögðu að þeir hefðu fyrirfram ekki áttað sig á því að útnefning Natura2000 svæðanna myndi hafa svona mikla þýðingu.
Auk þess finna bændurnir nú mikinn þrýsting vegna köfnunarefniskanngangsins og telja óréttlátt að aðallega landbúnaðarstarfsemi verði fyrir áhrifum. Umdeilda breytingarreglan er gott dæmi um þetta, þar sem nú kemur í ljós að áður útnefnd Natura2000 svæði megi lagfæra á eftir.
Í endanlegum dómi staðfestir dómstóllinn ríkisstjórnarákvörðunina. Það er vegna þess að ráðherrann er samkvæmt evrópskum rétti skyldugur til að ganga úr skugga um að vernd búsvæða og tegunda í Natura2000 svæðum sé rétt. Ef nýrra vistfræðilegra gagna ber saman að tegundir eða búsvæði hafi ekki verið tekin með skal ráðherrann leiðrétta fyrri útnefningu.
Það sem ráðherrann hefði þó átt að gera fyrr var að leggja búsvæðakortsíðurnar fram til sýnis. Hann gerði það ekki. Þetta breytir þó ekki niðurstöðu mála, þar sem búsvæðakortin voru til staðar í kærumálunum svo bændur gátu brugðist við í meira en ár. Margir bændurnir gerðu það ekki.