Það er sérstaklega notkun efna í landbúnaði sem er gagnrýnd.
Evrópusambandið heldur því fram að núverandi aðgerðir gegn vatnsmengun séu ófullnægjandi. Samkvæmt fjölmörgum rannsóknum eru nítröt og önnur landbúnaðarefni helstu orsakir lélegrar vatnsgæða. Sérstaklega í svæðum með mikla landbúnaðarframleiðslu hefur mengun í ám, vötnum og grunnvatni orðið alvarleg.
Af þeim sökum vill framkvæmdastjórn ESB þrengja gildandi nítratráðstefnu. Í tillögunni er þar á meðal kallað eftir því að vatnsnotkun verði minnkuð um tíu prósent fyrir árið 2030. Framkvæmdastjórnin bendir á aukin vandamál vegna þurrka í Evrópu og varar við mögulegum áhrifum á matvælaöryggi og líffræðilegan fjölbreytileika.
Tillagan hefur, samkvæmt fjölmörgum heimildum, skapað deilur innan Evrópuþingsins. Sérstaklega í landbúnaðarráði og hjá landbúnaðarhagsmunasamtökum er búist við harðri andstöðu. Þau óttast að strangari umhverfisreglur muni ganga yfirleitt út yfir bændur og þrýsta á matvælaframleiðslu.
Annar deilupunktur er pólitísk viðkvæmni varðandi umhverfis- og loftslagslöggjöf Grænu sáttmálans. Samkvæmt Politico hafa meðlimir Viðreisnarmanna (EVP), stærsta þingflokksins í Evrópuþinginu, krafist þess að í drögum að skýrslu um vatnsstjórnun verði öll tilvísun til Grænu sáttmálans fjarlægð – ekki einu sinni orðið „Green Deal“ megi nefna.
Gagnrýnin frá þinginu takmarkast ekki aðeins við efnið sjálft. Samkvæmt skýrslum eru einnig mótmæli gegn upplýsingagjöf Evrópusambandsins: framkvæmdastjórnin hefur kynnt tillögurnar sem tæknilegar og nauðsynlegar, þrátt fyrir að afleiðingarnar fyrir landbúnað og efnahag séu pólitískt viðkvæmar.
Fjölmargar heimildir benda á aukna þróun þar sem skammtímahagsmunir, eins og efnahagsvöxtur og matvælaöryggi, virðast vega þyngra en langtímaaðgerðir um sjálfbærni. Framkvæmdastjórnin leggur þó áherslu á að það aðgerðaleysi auki áhættu á langvarandi þurrkum og umhverfisskaða.
Þrátt fyrir það virðist Evrópusambandið ákveðið í að hrinda tillögunni í framkvæmd. Bent er á fyrri skuldbindingar ESB-ríkjanna um betri umhverfisvernd sem hafa ekki verið fullnægjandi uppfylltar. Enn er óljóst í hvaða mynd tillagan verður að endingu samþykkt, en ljóst er að vatnsstjórnun fær sífellt stærri sess á dagskrá Brussel.