Kjarni reglugerðarinnar sem framkvæmdastjórn Evrópu lagði fram snýr að flokkun NGT-tækni í tvo flokka. Plöntur og náttúrulegur matur sem genabreyting verður einnig til við náttúrulegar stökkbreytingar eru ekki lengur flokkaðir sem erfðabreytt fæði. Allar aðrar NGT-plöntur þurfa hins vegar enn að falla undir reglur um erfðabreytt lífverur.
En núverandi staða ESB-landanna tekur ekki ákvörðun til að leysa nokkur erfið atriði, svo sem að taka upp „tilkynningarskyldu“ á merkjum ef fæði hefur verið unnið með erfðabreytingartækni. ESB-löndin sleppa úr þessu vali með því að innleiða möguleikann á undantekningu, þar sem leyfi fyrir sumum nýrri tækni er í höndum landanna sjálfra.
Sáttmáli ráðsins gerir ESB-löndunum kleift að banna ræktun NGT-planta úr seinni flokknum innan sinna landamæra. Þau geta einnig gripið til aðgerða til að koma í veg fyrir útbreiðslu þessara plantna, bæði innan sinna eigin landamæra og yfir landamæri. Þýskaland er ekki sammála slíkum undantekningum.
Gagnrýni á núverandi afstöðu meirihluta ESB-landanna kemur meðal annars frá Grænum þingmönnum í Evrópuþinginu. Þjóðverjinn Martin Häusling lýsti frumvarpinu sem „ róttækri afreglugerð“ og gagnrýndi skort á kröfum varðandi merkingar, rekjanleika og ábyrgð.
Með samningsumboði ESB-landanna geta nú þríhliða viðræður hafist milli Evrópuþingsins, framkvæmdastjórnarinnar og ráðsins. Einungis þegar samkomulag næst milli þessara þriggja stofnana getur reglugerðin verið samþykkt og tekið gildi.
Evrópuþingið hefur áður barist fyrir strangari reglugerðum, einkum varðandi merkingar og einkaleyfi. Sérstaklega lífrænn landbúnaður og GMO-frjáls framleiðslukerfi eru í hættu. Núgildandi tillaga framkvæmdastjórnarinnar fjarlægir reglurnar sem tryggðu samlífi lífræns og hefðbundins landbúnaðar með erfðabreytingum.