Soprattutto l'uso di sostanze chimiche in agricoltura è sotto accusa.
La Commissione Europea afferma che le misure attuali contro l'inquinamento idrico sono insufficienti. Secondo diversi studi, i nitrati e altre sostanze chimiche agricole sono cause importanti della cattiva qualità dell'acqua. In particolare, in regioni con agricoltura intensiva, fiumi, laghi e falde acquifere sono gravemente inquinati.
Per questo motivo la Commissione vuole rafforzare la Direttiva Nitrati esistente. Nella proposta si richiede, tra l'altro, una riduzione del consumo d'acqua del dieci percento entro il 2030. La Commissione segnala inoltre l'aumento dei problemi di siccità in Europa e avverte delle possibili conseguenze sulla sicurezza alimentare e sulla biodiversità .
Secondo diverse fonti, la proposta è controversa all'interno del Parlamento Europeo. In particolare, nella commissione agricoltura e tra le organizzazioni di interesse agricolo si prevede una forte opposizione. Essi temono che regole ambientali più severe possano penalizzare gli agricoltori e mettere sotto pressione la produzione alimentare.
Un altro punto di contesa è la sensibilità politica riguardo le leggi ambientali e climatiche del Green Deal. Secondo Politico, membri del PPE, la più grande fazione del Parlamento Europeo, hanno richiesto che nel progetto di relazione sulla gestione dell'acqua ogni riferimento al Green Deal venga rimosso – persino la parola 'Green Deal' non deve essere menzionata.
Le critiche dal Parlamento non si limitano al contenuto. Secondo i resoconti, ci sono anche obiezioni verso la comunicazione della Commissione Europea: essa presenta le proposte come tecniche e necessarie, mentre le implicazioni per l'agricoltura e l'economia sono politicamente sensibili.
Diverse fonti segnalano una tendenza crescente a privilegiare interessi a breve termine, come la crescita economica e l'approvvigionamento alimentare, rispetto a misure a lungo termine per la sostenibilità . Tuttavia la Commissione sottolinea che non agire aumenta il rischio di siccità strutturale e danni ambientali.
Tuttavia la Commissione Europea sembra decisa a portare avanti la proposta. Si richiama l'attenzione sugli impegni precedenti dei paesi UE per una migliore protezione ambientale, finora insufficientemente rispettati. Non è ancora chiaro in quale forma la proposta sarà infine adottata. È però evidente che la gestione dell'acqua sta diventando sempre più centrale nell'agenda di Bruxelles.