Il fulcro della proposta della Commissione Europea è la classificazione delle tecniche NGT in due categorie. Le piante e gli alimenti naturali la cui modifica genetica può anche originarsi da mutazioni naturali non sono più classificati come alimenti geneticamente modificati. Tuttavia, tutte le altre piante NGT devono ancora rientrare nelle norme sugli organismi geneticamente modificati.
Tuttavia, la posizione ora assunta dagli Stati membri dell'UE non risolve alcuni punti critici, come l'inserimento di un 'obbligo di notifica' sulle etichette se l'alimento è stato modificato con tecniche OGM. Gli Stati membri evitano questa scelta inserendo la possibilità di un opt-out, lasciando quindi ai singoli Paesi la decisione di autorizzare o meno alcune nuove tecniche.
Il compromesso del Consiglio consente agli Stati membri di vietare la coltivazione di piante NGT di seconda categoria nel proprio territorio. Possono anche adottare misure per prevenire la diffusione di queste piante, sia entro i propri confini che oltre. La Germania non è d'accordo con una tale norma di eccezione.
Le critiche alla posizione ora adottata dalla maggioranza degli Stati membri dell'UE arrivano, tra gli altri, dai deputati verdi del Parlamento europeo. Il tedesco Martin Häusling ha definito la proposta una 'radicale deregolamentazione' e ha criticato l'assenza di requisiti in materia di etichettatura, tracciabilità e responsabilità .
Con il mandato negoziale degli Stati membri dell'UE possono ora iniziare le triloghe con il Parlamento europeo e la Commissione europea. Solo quando si sarà raggiunto un accordo tra le tre istituzioni, il regolamento potrà essere adottato ed entrare in vigore.
Il Parlamento europeo aveva già chiesto una regolamentazione più severa, in particolare in materia di etichettatura e brevetti. In particolare, l'agricoltura biologica e i sistemi di produzione privi di OGM sono a rischio. L'attuale proposta della Commissione abolisce le regole che consentivano la coesistenza dell'agricoltura biologica e convenzionale con la manipolazione genetica.