Secondo il tribunale, la ministra non poteva tenere in considerazione considerazioni economiche (come richiesto dagli agricoltori), ma solo quelle ecologiche e naturalistiche, in base alla legislazione europea. Il tribunale osserva che gli habitat sono stati già inclusi all'entrata in vigore della normativa Natura2000, ma che il loro stato naturale potrebbe essere peggiorato negli ultimi anni.
In tal caso, il governo potrebbe anche essere chiamato in causa dall'UE qualora fosse violato il cosiddetto divieto di deterioramento, e la ministra non intervenisse.
Contro la decisione della ministra sono stati presentati numerosi ricorsi in tutta Olanda presso diversi tribunali. Il tribunale di Arnhem ha esaminato a metà marzo circa 70 casi in più sessioni. La maggior parte dei ricorsi è stata presentata da aziende agricole preoccupate per le conseguenze dell'aggiornamento. Anche l'Associazione Leefmilieu ha presentato una risposta per evitare che la protezione delle aree Natura 2000 venga ridotta.
Il tribunale dichiara nella sentenza di essere consapevole che le aziende (agricole) sono preoccupate per l'impatto di questa decisione sulle loro attività . Molti di loro dichiarano di non aver compreso in anticipo che la designazione delle aree Natura 2000 avrebbe avuto un impatto così forte.
Inoltre, le aziende agricole avvertono attualmente una forte pressione dovuta al problema dell'azoto e ritengono ingiusto che sia soprattutto il settore agricolo a subirne le conseguenze negative. La controversa decisione di modifica ne è un chiaro esempio, poiché ora risulta che le aree Natura 2000 precedentemente designate possono essere modificate retroattivamente.
Nella sentenza finale il tribunale conferma la decisione governativa. Ciò avviene perché la ministra è obbligata dal diritto europeo a garantire che (la protezione di) habitat e specie nelle aree Natura 2000 sia corretta. Se, basandosi su dati ecologici aggiornati, risulta che alcune specie o habitat non sono stati inclusi, la ministra è tenuta a correggere tale precedente designazione.
Ciò che la ministra avrebbe però dovuto fare prima era mettere a disposizione le mappe dei tipi di habitat per la consultazione pubblica. Questo non è stato fatto. Tuttavia, ciò non ha modificato l'esito dei casi, poiché le mappe dei tipi di habitat sono state comunque disponibili nei procedimenti di ricorso, permettendo agli agricoltori di reagire per oltre un anno. Molte delle aziende (agricole) non hanno però usufruito di questa opportunità .