MH17事件に関わる13人の証人の身元は非公開とされる。検察官補は、これらの証人が脅威を感じたり危険にさらされる可能性があるため、保護を受ける権利があると判断された。検察庁（Openbaar Ministerie）によれば、「証人に対する重大なリスク」が存在するという。
これら『匿名証人』の地位については、まだ多くの情報が明らかにされていない。例えば、彼らが今もウクライナかロシアに居住または滞在しているのか、あるいはオランダの支援で別の場所に移されているのかは不明だ。彼らの証言は、現在の4人の容疑者に対する証拠の重要な部分であり、将来的に新たな容疑者が出てくる場合にも不可欠である。
また、これら匿名証人が通常の（大規模な）オランダ刑事事件における『王冠証人』（kroongetuigen）と同様の保護を受けているかどうかは不明だ。王冠証人の場合、失われた収入や被った損害に対する（金銭的な）補償や、場合によっては新しい身元の付与や護衛が行われることがある。
注目すべきは、多くの保護された証人が2019年に初めて尋問を受けたことである。これはオランダの検察官補（裁判官役の捜査官）によって行われた。証言はビデオで録画され、証人の顔は認識できない形で映されている。これらの尋問には、3人のオランダ検察官（「検察側」）と被告の弁護士（「弁護側」）は立ち会っていなかった。
ただ一人の証人については、身元非公開の要請が裁判所によって却下されている。捜査官はこの証人の証言によって脅威を感じる可能性があると考えているが、匿名性を確保することは事実上不可能だとされている。この点が具体的に何を意味するのか、またこの証人が法廷に出廷しなければならないかどうかも明らかにされていない。
3人の検察官は、M58という証人のビデオ尋問の「要約」を裁判所に作成するよう要請している。M58は最近、自身の身元を公開したが、裁判では依然として匿名証人として扱われている。検察によれば、この容疑者はBUKミサイルの発射現場にいたとされ、複数のロシア官員を目撃し話をしている。
また検察は、他の5人の匿名証人への追加尋問を望んでいる。必要なら、あらかじめ検察と弁護側が文書で質問を提出できる条件で、再び匿名で捜査官による尋問が可能だ。これにより、証拠資料の多くが公開される可能性が生まれ、「証拠の多くが匿名である」という疑いの一部を覆すことができる。
さらに、遺族を代表する7人の弁護士も裁判所に対し、証拠のより多くを公開すべきだと主張している。これにより、悲嘆に暮れる家族が2014年7月17日の悲劇的な日付に一体何が起きたのかをよりよく理解することが可能になる。
検察はまた、MH17裁判が行われているスキポール空港近くの裁判所で、撃墜されたマレーシア機の再現模型を見学することを望んでいる。東ウクライナで撃墜された同機の残骸は、2015年の共同調査チーム（JIT）の調査のためオランダに運ばれ、現在はギルセ・ライエン空軍基地の格納庫内で半ば損傷した状態で組み立てられている。
3人の検察官は、第2回公判でこの「現場検証（schouw）」の提案を行った。検察側は、裁判官が「損傷の全体像を自身の目で確かめることが重要」だと主張している。検察は裁判所に対し、近いうちに現場検証の可否を決定するよう求めている。近く行われる可能性がある現場検証は、6月に予定されている第2回公判の開始時に行われるかもしれない。第3回公判は9月初旬、第4回は来年2月に予定されている。