欧州委員会が提案した規制の核心は、NGT技術を二つのカテゴリーに分類することにある。遺伝的変異が自然突然変異によっても起こり得る植物や自然由来の食品は、もはや遺伝子組み換え食品として分類されない。ただし、その他のNGT植物は依然として遺伝子組み換え生物に関する規則の対象となる。
しかし、現在EU加盟国が合意した立場は、GMO技術で加工された食品のラベルに「通報義務」を付すかどうかといった難しい問題の解決には至っていない。EU加盟国は一部の新技術の承認を各国に任せる「オプトアウト」の可能性を認めることで、この選択を回避している。
この合意案によりEU加盟国は、第二カテゴリーに該当するNGT植物の自国内での栽培を禁止できる。また、それらの植物の自国内および国境を越えた拡散を防ぐ措置をとることも可能だ。ドイツはこのような例外規定に反対している。

