欧州委員会が提案した規制の核心は、NGT技術を二つのカテゴリーに分類することにある。遺伝的変異が自然突然変異によっても起こり得る植物や自然由来の食品は、もはや遺伝子組み換え食品として分類されない。ただし、その他のNGT植物は依然として遺伝子組み換え生物に関する規則の対象となる。
しかし、現在EU加盟国が合意した立場は、GMO技術で加工された食品のラベルに「通報義務」を付すかどうかといった難しい問題の解決には至っていない。EU加盟国は一部の新技術の承認を各国に任せる「オプトアウト」の可能性を認めることで、この選択を回避している。
この合意案によりEU加盟国は、第二カテゴリーに該当するNGT植物の自国内での栽培を禁止できる。また、それらの植物の自国内および国境を越えた拡散を防ぐ措置をとることも可能だ。ドイツはこのような例外規定に反対している。
現在のEU加盟国の多数派の立場に対する批判は、欧州議会の緑の会派の議員からも出ている。ドイツのマルティン・ヘウスリング議員はこの提案を「急進的な規制緩和」と表現し、表示義務、追跡可能性、責任に関する要件の欠如を批判した。
EU加盟国はこの交渉権限をもとに、欧州議会および欧州委員会との三者協議を開始できる。三機関間で合意に達して初めて、この規則が採択され施行されることになる。
欧州議会は以前より特に表示義務や特許権に関して、より厳格な規制を主張している。特に有機農業やGMO不使用の生産システムはリスクにさらされている。現行の委員会提案は、遺伝子操作を伴う有機農業と通常農業の共存ルールを廃止してしまう。