バイオ燃料は化石燃料の代替として考えられており、輸送部門の温室効果ガス削減を目指しています。過去10年間でEUは約4億3,000万ユーロの補助金をバイオ燃料促進に投じてきました。しかし、実験室の研究から大規模生産への移行は進まず、実現にはさらに多年を要するとみられています。
長らく期待されてきたのは、農業・園芸からの天然資源が、環境に優しい新しい燃料の原料になり得るということでした。現在生産されているバイオ燃料は主に通常のガソリン、ディーゼル、ケロシンへの混合燃料として、ごくわずかに使われているに過ぎません。
さらに、適切なバイオマスの入手可能性がバイオ燃料の活用を制限しています。欧州委員会はバイオ燃料の促進と使用がEUのエネルギー自立性を高めると予想していましたが、実際には多くの原料が第三国から輸入されています（例：中国、英国、マレーシア、インドネシアからの使用済み揚げ油・料理油の輸入など）。
欧州会計検査院は、欧州の政策がこの新興部門の生産と投資を促進できていないと結論づけています。例えば航空分野ではバイオ燃料の大量消費が見込まれ、EUは既に決定を下しています。2030年までの持続可能な航空燃料の必要量は276万トンの石油換算で定められていますが、現時点での生産能力はそれのわずか10分の1程度に過ぎません。
また、近年では道路交通におけるバイオ燃料の将来も不透明になっています。電気自動車への大規模な転換と2035年に新規ガソリン・ディーゼル車の販売終了が計画されていることは、EUの道路交通でバイオ燃料が大規模に利用される機会をほとんどなくす可能性があることを示しています。