主な汚染源は農業からの肥料および化学物質であり、窒素やリンなどの栄養塩類によって水が汚染されることで富栄養化を引き起こしています。加えて、工業廃水が川や湖、沿岸水域の化学的汚染に寄与しています。
さらに、ダムや運河の建設など水路の構造的変化も生態系の劣化に拍車をかけていることが、EU環境機関の新しい報告書で明らかになりました。
表流水は生物多様性の維持において重要とされますが、北西ヨーロッパ（ベルギー、オランダ、ドイツを含む）では、水域の90%以上の水質が中程度、悪い、または非常に悪いと評価されています。
したがって、土壌汚染に関するEU指令の見直しと化学物質の流出対策が非常に重要です。この枠組指令の改訂は、水質の改善だけでなく、生態系の健康回復をも目的とする必要があります。
表流水の汚染問題に加え、気候変動による水資源の安全保障のさらなる圧迫もEUは考慮しなければなりません。気温の上昇、降水パターンの変化、植物の乾燥期の増加は、主に南欧地域において水ストレスを増大させています。川や湖といった水域はより速く汚染されやすくなり、水質のさらなる悪化を招いています。