裁判所によると、大臣は欧州法に基づき、農民が要求したような経済的考慮を加味することはできず、あくまで生態学的および自然科学的な視点のみを考慮することが認められていました。裁判所は、これらの生息地はNatura2000法の施行時にすでに含まれていたものの、近年その自然状態が悪化している可能性があると判断しています。
この場合、政府は悪化禁止令の違反によりEUから違反を指摘される可能性があり、大臣が何の対策も講じなければならないとされます。
この大臣の決定に対して、オランダ全土の複数の裁判所に多くの控訴申立てが提出されました。アルンヘムの裁判所では3月中旬に約70件の案件が複数回の審理で扱われました。控訴の大半は、現状修正の影響を懸念する農業経営者によるものでした。また、Natura2000区域の保護の後退を防ぐために生活環境協会も意見を提出しました。
裁判所は判決で、（農民の）企業がこの決定が事業に与える影響を懸念していることを理解していると述べました。多くはNatura2000区域の指定がこんなに大きな影響を与えるとは事前に認識していなかったと話しています。
さらに、農業経営者たちは現在窒素問題による大きな圧力を感じており、その負担が特に農業部門に偏っているのは不合理だと感じています。物議を醸した今回の変更決定は、以前に指定されたNatura2000区域が後から修正され得ることを示す良い例です。
最終判決では、裁判所は政府の決定を支持しました。これは大臣が欧州法によりNatura2000区域の生息地や種の保護状況を確実にする義務を負っているためです。最新の生態学的資料に基づき、種や生息地が指定されていないことが判明した場合、大臣はその指定を修正せねばなりません。
ただし大臣は、事前に生息地タイプの地図を閲覧可能にすべきでしたが、それを行っていません。しかしこの点は、控訴審で生息地タイプの地図が提供され、農民たちが1年以上にわたり意見を述べる機会を持っていたため、結果には影響を及ぼしませんでした。多くの（農民の）企業はそれに応じませんでした。