Europos Komisijos siūlomos tvarkos esmė yra NGT technologijų skirstymas į dvi kategorijas. Augalai ir natūralūs maisto produktai, kurių genetiniai pokyčiai gali atsirasti natūralių mutacijų būdu, nebebus laikomi genetiškai modifikuotu maistu. Tačiau visi kiti NGT augalai vis dar privalo atitikti genetiškai modifikuotų organizmų taisykles.
Tačiau dabar pasiektas ES valstybių pozicijos kompromisas nepriima sprendimo kelių prieštaringų klausimų atžvilgiu, pavyzdžiui, ar ant etikečių turi būti nurodomas „pranešimo reikalavimas“, jei maistas buvo apdorotas GMO technologijomis. ES šalys vengia šio sprendimo, įvedant galimybę atsisakyti, paliekant kai kurių naujų technologijų leidimą pačioms šalims.
Tarybos kompromisas leidžia ES šalims uždrausti antrosios kategorijos NGT augalų auginimą savo teritorijose. Jos taip pat gali imtis priemonių, kad užkirstų kelią šių augalų plitimui tiek savo ribose, tiek kirsti sienas. Vokietija nepritaria tokiai išimčiai.
Kritikos dėl daugumos ES šalių dabar užimtos pozicijos sulaukia, be kitų, Europos Parlamento Žalieji europarlamentarai. Vokietis Martin Häusling pasiūlymą apibūdino kaip „radikalų reguliavimų mažinimą“ ir kritikavo etikėčių nurodymų, atsekamumo ir atsakomybės reikalavimų nebuvimą.
Su ES šalių derybų mandatu dabar gali prasidėti trilogo derybos su Europos Parlamentu ir Europos Komisija. Tik susitarus tarp trijų institucijų, reglamentas gali būti priimtas ir įsigaliojęs.
Europos Parlamentas anksčiau ragino griežtesnę reguliaciją, ypač etikėčių žymėjimo ir patentų srityse. Ypač rizikuoja ekologinė žemdirbystė ir GMO neturinčios gamybos sistemos. Dabartinis Komisijos pasiūlymas panaikina taisykles, leidžiančias išlaikyti ekologišką ir tradicinę žemdirbystę kartu su genetine manipuliacija.