Europos Komisijos siūlomos tvarkos esmė yra NGT technologijų skirstymas į dvi kategorijas. Augalai ir natūralūs maisto produktai, kurių genetiniai pokyčiai gali atsirasti natūralių mutacijų būdu, nebebus laikomi genetiškai modifikuotu maistu. Tačiau visi kiti NGT augalai vis dar privalo atitikti genetiškai modifikuotų organizmų taisykles.
Tačiau dabar pasiektas ES valstybių pozicijos kompromisas nepriima sprendimo kelių prieštaringų klausimų atžvilgiu, pavyzdžiui, ar ant etikečių turi būti nurodomas „pranešimo reikalavimas“, jei maistas buvo apdorotas GMO technologijomis. ES šalys vengia šio sprendimo, įvedant galimybę atsisakyti, paliekant kai kurių naujų technologijų leidimą pačioms šalims.
Tarybos kompromisas leidžia ES šalims uždrausti antrosios kategorijos NGT augalų auginimą savo teritorijose. Jos taip pat gali imtis priemonių, kad užkirstų kelią šių augalų plitimui tiek savo ribose, tiek kirsti sienas. Vokietija nepritaria tokiai išimčiai.

