Pagrindiniai teršalai yra trąšos ir cheminės medžiagos iš žemės ūkio, kurios užteršia vandenį maistinėmis medžiagomis, tokiomis kaip azotas ir fosforas, sukeldamos eutrofikaciją. Be to, pramoninės nuotekos prisideda prie upių, ežerų ir pakrančių vandenų cheminės taršos.
Taip pat struktūriniai vandens kelių pokyčiai, tokie kaip užtvankos ir kanalizavimas, prisidėjo prie ekologinės būklės blogėjimo, kaip nurodo naujas Europos aplinkos agentūros ataskaita.
Paviršinis vanduo yra itin svarbus biologinės įvairovės palaikymui, tačiau daugelyje Šiaurės Vakarų Europos regionų (įskaitant Belgiją, Nyderlandus ir Vokietiją) daugiau nei 90 % vandens telkinių kokybė įvertinta kaip vidutinė, prasta arba labai prasta.

