De viktigste forurensningskildene er gjødsel og kjemikalier fra landbruket, som forurenser vannet med næringsstoffer som nitrogen og fosfor, noe som fører til eutrofiering. I tillegg bidrar industrielt avløpsvann til kjemisk forurensning av elver, innsjøer og kystvann.
Strukturelle endringer i vannveiene, som demninger og kanalisering, har også bidratt til økologisk tilbakegang, viser en ny rapport fra EUs miljøbyrå.
Overflatevann omtales som avgjørende for opprettholdelse av biologisk mangfold, men i mange regioner i Nordvest-Europa (inkludert Belgia, Nederland og Tyskland) beskrives kvaliteten på mer enn 90 % av vannforekomstene som moderat, dårlig eller svært dårlig.

