De viktigste forurensningskildene er gjødsel og kjemikalier fra landbruket, som forurenser vannet med næringsstoffer som nitrogen og fosfor, noe som fører til eutrofiering. I tillegg bidrar industrielt avløpsvann til kjemisk forurensning av elver, innsjøer og kystvann.
Strukturelle endringer i vannveiene, som demninger og kanalisering, har også bidratt til økologisk tilbakegang, viser en ny rapport fra EUs miljøbyrå.
Overflatevann omtales som avgjørende for opprettholdelse av biologisk mangfold, men i mange regioner i Nordvest-Europa (inkludert Belgia, Nederland og Tyskland) beskrives kvaliteten på mer enn 90 % av vannforekomstene som moderat, dårlig eller svært dårlig.
Den kommende revisjonen av EUs direktiver for jordforurensning og håndtering av utskillelse av kjemikalier er derfor avgjørende. Denne revisjonen av rammedirektivet skal ikke bare forbedre vannkvaliteten, men også gjenopprette økosystemenes helse.
I tillegg til den truende forurensningen av overflatevann må Europa også forholde seg til klimaendringer, som ytterligere setter vannforsyningssikkerheten under press. Økende temperaturer, endrede nedbørsmønstre og vegetasjonsperioder med tørke fører til økt vannstress i flere regioner, spesielt i Sør-Europa. Vannforekomster som elver og innsjøer blir der fortere forurenset, noe som ytterligere svekker vannkvaliteten.