I følge retten hadde ministeren, på grunnlag av europeisk lovgivning, ikke lov til å ta økonomiske hensyn i betraktning (slik bøndene hadde krevd), men kun økologiske og naturfaglige. Retten vurderer at habitater allerede ved innføringen av Natura2000-lovgivningen ble inkludert, men at deres naturlige status kan ha forverret seg de siste årene.
I så fall kunne myndigheten til og med bli holdt ansvarlig av EU om forbudet mot forringelse ble brutt, uten at ministeren tok affære.
Mot ministerens vedtak ble det i hele Nederland levert mange klager til flere domstoler. Retten i Arnhem behandlet i midten av mars omtrent 70 saker over flere møter. De fleste klagene kom fra bondevirksomheter som er redde for konsekvensene av oppdateringen. Også Foreningen Leefmilieu leverte en respons for å hindre at vernet av Natura 2000-områdene skulle bli reversert.
Retten nevner i dommen at de forstår at (bonde)bedrifter er bekymret for hvordan dette vedtaket vil påvirke deres virksomhet. Mange av dem sier at de ikke på forhånd hadde innsett at utpekningen av Natura 2000-områdene ville få så stor betydning.
Videre føler bondevirksomhetene stor press på grunn av nitrogenproblematikken og mener det er urimelig at særlig landbrukssektoren ser ut til å bli den største taperen. Det omstridte endringsvedtaket er et godt eksempel på dette, da det nå viser seg at tidligere utpekte Natura 2000-områder kan bli justert i ettertid.
I den endelige dommen opprettholder retten regjeringens vedtak. Dette fordi ministeren er forpliktet av europeisk rett til å sikre at (vernet av) habitater og arter i Natura 2000-områder er riktige. Dersom oppdaterte økologiske data viser at arter eller habitater ikke er inkludert, er ministeren forpliktet til å korrigere den tidligere utpekningen.
Det ministeren derimot burde ha gjort tidligere, var å legge habitatkartene ut til offentlig ettersyn. Dette har ministeren ikke gjort. Likevel endrer ikke dette utfallet av sakene, fordi habitatkartene likevel ble tilgjengelige i ankesakene, slik at bøndene hadde over ett år til å reagere. Mange av (bonde)bedriftene benyttet seg ikke av denne muligheten.