Kjernen i forslaget fra Europakommisjonen er inndelingen av NGT-teknikker i to kategorier. Planter og naturlige matvarer der den genetiske endringen også kan oppstå som følge av naturlige mutasjoner, skal ikke lenger klassifiseres som genetisk modifisert mat. Alle andre NGT-planter må imidlertid fortsatt omfattes av reglene for genetisk modifiserte organismer.
Men den nå oppnådde holdningen blant EU-landene innebærer ennå ikke et valg som løser noen vanskelige punkter, som for eksempel innføring av en 'meldingsplikt' på etiketter når maten er behandlet med GMO-teknologi. EU-landene unngår dette valget ved å innføre muligheten for et unntak, som overlater avgjørelsen om godkjenning av enkelte nye teknikker til landene selv.
Rådets kompromiss tillater EU-landene å forby dyrking av NGT-planter i den andre kategorien på eget territorium. De kan også iverksette tiltak for å hindre spredning av disse plantene, både innenfor egne grenser og over landegrensene. Tyskland er imot en slik unntaksregel.
Kritikk av den nå inntatte holdningen hos et flertall av EU-landene kommer blant annet fra grønne Europaparlamentarikere i Europaparlamentet. Den tyske politikeren Martin Häusling beskrev forslaget som «radikal deregulering» og kritiserte mangelen på krav til merking, sporbarhet og ansvarlighet.
Med forhandlingsmandatet fra EU-landene kan nå trilogforhandlingene med Europaparlamentet og Europakommisjonen begynne. Først når det er oppnådd enighet mellom de tre institusjonene, kan forordningen vedtas og tre i kraft.
Europaparlamentet har tidligere tatt til orde for strengere regler, særlig når det gjelder merking og patentrettigheter. Spesielt økologisk landbruk og GMO-frie produksjonssystemer står i fare. Dagens kommisjonsforslag opphever reglene som sikrer sameksistens mellom økologisk og konvensjonelt landbruk med genetisk manipulasjon.