Identiteten til tretten vitner i MH17-saken vil forbli hemmelig. Ifølge rettskommissæren har disse vitnene rett til beskyttelse fordi de kan føle seg truet eller havne i fare. Påtalemyndighetene sier det er «betydelige risikoer for vitnene».
Det er ennå ikke mye informasjon om statusen til disse «anonyme vitnene». Det er for eksempel ikke klart om de fortsatt bor i Ukraina eller Russland, eller om de med nederlandsk hjelp er bosatt andre steder. Deres forklaringer er avgjørende for bevisene mot de nåværende fire tiltalte, og muligens også for fremtidige tiltalte.
Det er heller ikke klart om de som «anonyme» vitner får samme beskyttelse som «kronvitner» i vanlige (store) nederlandske straffesaker. I noen tilfeller mottar disse betydelig økonomisk kompensasjon for tapt inntekt eller påført skade, eller til og med en ny identitet og beskyttelse.
Det bemerkelsesverdige er at de fleste vitnene som får beskyttelse først ble avhørt i 2019. Dette ble gjort av en nederlandsk rettskommissær («undersøkelsesdommer»). Deres forklaringer ble videoopptak, hvor vitnene ikke er gjenkjennelige i bildet. Under disse avhørene var de tre nederlandske påtalejuristene («aktorene») og forsvarerens advokater («forsvaret») ikke til stede.
For ett vitne ble begjæringen om anonymitet avslått av retten. Rettkommissæren mener at vitnet kan føle seg truet på grunn av sin forklaring, men det ville være praktisk umulig å sikre dette vitnets anonymitet. Hva dette siste innebærer er ennå ikke klart. Det er heller ikke kjent om dette ene vitnet må møte i retten.
De tre påtalemyndighetene har bedt retten om å lage et «sammendrag» av videoavhøret av vitne M58. Han har nylig selv offentliggjort sin identitet, men behandles fortsatt som anonymt vitne i rettsaken. Ifølge aktor var denne mistenkte selv til stede under avfyringen av BUK-raketten, og han skal ha sett og snakket med flere russiske tjenestemenn.
Påtalemyndigheten vil også avhøre fem andre anonyme vitner ytterligere. Dette kan om nødvendig skje anonymt ved en rettskommissær, forutsatt at aktor og advokater på forhånd kan levere skriftlige spørsmål. Dette kan bidra til at en større del av det underliggende bevismaterialet blir offentlige. Det kan også motbevise en del av kritikken om at en stor del av bevisene er anonyme og dermed «mistenkelige».
De syv advokatene for de etterlatte har også argumentert for retten om at en større del av bevismaterialet må gjøres offentlig. Dette vil gi sørgende familiemedlemmer bedre innsikt i hva som faktisk skjedde på den fatale datoen 17. juli 2014.
Påtalemyndigheten ønsker videre at MH17-retten på Schiphol skal få se den gjenoppbygde rekonstruksjonen av det nedskutte malaysiske flyet. Vrakingene fra det nedskutte flyet i Øst-Ukraina ble overført til Nederland i 2015 for JIT-undersøkelsen, og står nå rekonstruert som et halvvrak i en hangar på luftforsvarets base Gilze-Rijen.
De tre påtalemyndighetene fremmet sitt forslag om en «befaring» på den andre saksbehandlingsdagen i straffesaken mot de fire tiltalte. Ifølge aktor er det viktig for dommerne å med egne øyne få «et fullt bilde av skadene». Påtalemyndigheten vil at retten snart skal avgjøre om det blir en befaring. Det kan muligens skje i juni når andre del av rettsaken begynner. En tredje rettsperiode er planlagt tidlig i september, og en tredje fase i februar neste år.