Tożsamość trzynastu świadków w sprawie MH17 pozostanie tajemnicą. Według sędziego-śledczego świadkowie ci mają prawo do ochrony, ponieważ mogą czuć się zagrożeni lub narazić na niebezpieczeństwo. Zdaniem Prokuratury istnieją „znaczne ryzyka dla świadków”.
O statusie tych „anonimowych świadków” dotychczas niewiele ujawniono. Nie jest jasne, czy nadal mieszkają lub przebywają na Ukrainie lub w Rosji, czy też zostali umieszczeni gdzie indziej z pomocą Holandii. Ich zeznania są kluczowe dla materiału dowodowego przeciwko obecnym czterem podejrzanym, a być może również wobec przyszłych nowych podejrzanych.
Nie wiadomo również, czy „anonimowi” świadkowie mają taką samą ochronę jak „świadkowie koronni” w regularnych (dużych) holenderskich procesach karnych. W takich przypadkach mogą otrzymać (znaczne) odszkodowania finansowe za utracone dochody lub poniesione szkody, a nawet zmienioną tożsamość i ochronę.
Ciekawe jest to, że większość świadków objętych ochroną była przesłuchiwana dopiero w 2019 roku. Przesłuchania przeprowadził holenderski sędzia-śledczy („sędzia dochodzeniowy”). Ich zeznania zostały nagrane na video, a świadkowie nie byli rozpoznawalni na nagraniach. W tych przesłuchaniach trzej holenderscy prokuratorzy („oskarżyciele”) oraz obrońcy oskarżonych („obrona”) nie uczestniczyli.
W przypadku jednego świadka wniosek o zachowanie jego tożsamości w tajemnicy został odrzucony przez sąd. Sędzia-śledczy uważa, że świadek ten mógłby czuć się zagrożony z powodu swoich zeznań, ale ze względów praktycznych niemożliwe byłoby zachowanie anonimowości tego świadka. Co dokładnie oznacza i obejmuje ta decyzja, nie jest jeszcze jasne. Nie wiadomo także, czy ten świadek będzie musiał stawić się w sądzie.
Trzej prokuratorzy zwrócili się do sądu o sporządzenie „streszczenia” z video-przesłuchania świadka M58. Ten niedawno sam ujawnił swoją tożsamość, ale wciąż traktowany jest w procesie jako świadek anonimowy. Według oskarżycieli podejrzany był obecny przy wystrzeleniu rakiety BUK i widział oraz rozmawiał z kilkoma rosyjskimi funkcjonariuszami.
Prokuratorzy chcą również przesłuchać pięciu innych anonimowych świadków. W razie potrzeby przesłuchania mogą ponownie odbywać się anonimowo przez sędziego-śledczego, pod warunkiem, że prokuratorzy i adwokaci wcześniej złożą pisemne pytania. Dzięki temu możliwe będzie ujawnienie większej części podstawowych dowodów. Ponadto pozwoli to częściowo obalić zarzut, że znaczna część materiału dowodowego jest anonimowa i przez to „podejrzana”.
Siedmiu adwokatów reprezentujących bliskich ofiar także argumentowało przed sądem, że większa część materiału dowodowego powinna zostać ujawniona. Dzięki temu pogrążone w żałobie rodziny mogłyby lepiej zrozumieć, co dokładnie wydarzyło się w fatalnym dniu 17 lipca 2014 roku.
Prokuratura chce ponadto, aby sąd MH17 na lotnisku Schiphol obejrzał odtworzoną rekonstrukcję zestrzelonego malezyjskiego samolotu. Wrak samolotu, który rozbił się we wschodniej Ukrainie, został w 2015 roku przewieziony do Holandii na potrzeby śledztwa JIT i obecnie jest częściowo zrekonstruowany w hangarze bazy lotniczej Gilze-Rijen.
Trzej prokuratorzy złożyli swoje propozycje dotyczące „oględzin” podczas drugiego dnia rozprawy przeciwko czterem podejrzanym. Według nich sędziowie powinni na własne oczy „uzyskać pełny obraz szkód”. Prokuratura chce, aby sąd szybko zdecydował, czy oględziny się odbędą. Możliwe, że nastąpi to w czerwcu, na początku drugiej części procesu. Trzeci blok rozpraw zaplanowano na początek września, a trzeci etap na luty przyszłego roku.