Głównie pod ostrzałem znajduje się stosowanie środków chemicznych w rolnictwie.
Komisja Europejska stwierdza, że obecne środki przeciwko zanieczyszczeniu wód są niewystarczające. Według wielu badań, azotany i inne chemikalia rolnicze są głównymi przyczynami złej jakości wód. Szczególnie w regionach z intensywnym rolnictwem rzeki, jeziora i wody gruntowe są poważnie zanieczyszczone.
Z tego powodu Komisja chce zaostrzyć obowiązującą Dyrektywę Azotanową. W propozycji wzywa się między innymi do zmniejszenia zużycia wody o dziesięć procent do 2030 roku. Komisja wskazuje na narastające problemy suszy w Europie i ostrzega przed możliwymi konsekwencjami dla bezpieczeństwa żywnościowego oraz bioróżnorodności.
Według wielu źródeł propozycja wzbudza kontrowersje w Parlamencie Europejskim. Szczególnie w komisji rolnictwa oraz wśród organizacji reprezentujących interesy rolników spodziewany jest silny sprzeciw. Obawiają się oni, że surowsze przepisy środowiskowe będą kosztem rolników i wywierają presję na produkcję żywności.
Innym punktem spornym jest polityczna wrażliwość wokół przepisów środowiskowych i klimatycznych Zielonego Ładu. Według Politico członkowie Europejskiej Partii Ludowej, największej frakcji w Parlamencie Europejskim, zażądali usunięcia wszelkich odniesień do Zielonego Ładu z projektu sprawozdania dotyczącego zarządzania wodami – nawet słowo „Zielony Ład” nie może się tam pojawić.
Krytyka ze strony parlamentu nie ogranicza się tylko do samej treści. Według relacji pojawiły się także zastrzeżenia co do komunikacji Komisji Europejskiej: miałaby ona przedstawiać propozycje jako techniczne i konieczne, podczas gdy ich implikacje dla rolnictwa i gospodarki mają polityczne znaczenie.
Wiele źródeł dostrzega rosnący trend, gdzie krótkoterminowe interesy, takie jak wzrost gospodarczy i zapewnienie żywności, wydają się przeważać nad długoterminowymi działaniami na rzecz zrównoważonego rozwoju. Komisja jednak podkreśla, że nicnierobienie zwiększa ryzyko wystąpienia strukturalnej suszy i szkód środowiskowych.
Mimo to Komisja Europejska wydaje się zdecydowana kontynuować realizację propozycji. Wskazuje na wcześniejsze zobowiązania krajów UE dotyczące lepszej ochrony środowiska, które jak dotąd nie zostały wystarczająco spełnione. Na razie nie jest jasne, w jakiej formie propozycja ostatecznie zostanie przyjęta. Wiadomo natomiast, że zarządzanie wodami zajmuje coraz ważniejsze miejsce na agendzie Brukseli.