Rdzeń proponowanego przez Komisję Europejską rozporządzenia to podział technik NGT na dwie kategorie. Rośliny i naturalne produkty spożywcze, w których zmiana genetyczna może powstać również w wyniku mutacji naturalnej, nie są już uznawane za żywność genetycznie modyfikowaną. Wszystkie pozostałe rośliny NGT wciąż muszą podlegać przepisom dotyczącym organizmów zmodyfikowanych genetycznie.
Jednak obecne stanowisko państw UE nie rozwiązuje kluczowych kwestii, takich jak wprowadzenie obowiązku informowania na etykietach, gdy żywność została zmodyfikowana za pomocą technologii GMO. Państwa UE unikają podjęcia decyzji, przewidując możliwość opt-out, czyli pozostawiając poszczególnym krajom decyzję o dopuszczeniu wybranych nowych technik.
Komisja Europejska pozwala państwom zakazać uprawy roślin NGT drugiej kategorii na ich terytorium. Mogą również podjąć środki zapobiegające rozprzestrzenianiu się tych roślin zarówno wewnątrz własnych granic, jak i poza nimi. Niemcy nie zgadzają się z taką możliwością wyjątku.
Krytykę wobec obecnego stanowiska większości państw UE wyrażają między innymi europosłowie Zielonych w Parlamencie Europejskim. Niemiec Martin Häusling określił propozycję jako „radykalną deregulację” i skrytykował brak wymogów dotyczących oznakowania, śledzenia i odpowiedzialności.
Na podstawie mandatu negocjacyjnego państw UE mogą teraz rozpocząć się trilogi negocjacyjne z Parlamentem Europejskim i Komisją Europejską. Dopiero po osiągnięciu porozumienia między tymi trzema instytucjami rozporządzenie może zostać przyjęte i wejść w życie.
Parlament Europejski wcześniej apelował o bardziej surowe przepisy, zwłaszcza w zakresie oznakowania i prawa patentowego. Szczególnie sektor rolnictwa ekologicznego oraz systemy produkcji wolne od GMO są zagrożone. Obecna propozycja Komisji znosi zasady koegzystencji rolnictwa ekologicznego i konwencjonalnego wraz z manipulacją genetyczną.