Główne źródła zanieczyszczeń to nawozy i substancje chemiczne pochodzące z rolnictwa, które zanieczyszczają wodę substancjami odżywczymi, takimi jak azot i fosfor, co prowadzi do eutrofizacji. Ponadto, przemysłowe ścieki przyczyniają się do chemicznego zanieczyszczenia rzek, jezior i wód przybrzeżnych.
Również strukturalne zmiany w korytach wodnych, takie jak tamy i kanały, przyczyniły się do pogorszenia ekologicznego stanu wód, jak wynika z nowego raportu Europejskiej Agencji Środowiska.
Wody powierzchniowe są uważane za kluczowe dla zachowania bioróżnorodności, jednak w wielu regionach północno-zachodniej Europy (w tym w Belgii, Holandii i Niemczech) jakość ponad 90% zbiorników wodnych oceniana jest jako umiarkowana, zła lub bardzo zła.
Zbliżająca się rewizja unijnych dyrektyw dotyczących zanieczyszczenia gleb oraz przeciwdziałania spływom chemikaliów jest zatem kluczowa. Ta rewizja ramowej dyrektywy powinna nie tylko poprawić jakość wód, ale również przywrócić zdrowie ekosystemów.
Obok zagrażającego zanieczyszczenia wód powierzchniowych, Europa musi także brać pod uwagę zmiany klimatyczne, które dodatkowo obciążają pewność dostaw wody. Rosnące temperatury, zmieniające się wzorce opadów i okresy suszy roślinnej powodują nasilenie stresu wodnego w różnych regionach, szczególnie w Europie Południowej. Zbiorniki wodne, takie jak rzeki i jeziora, szybciej się tam zanieczyszczają, co dodatkowo pogarsza jakość wody.