Główne źródła zanieczyszczeń to nawozy i substancje chemiczne pochodzące z rolnictwa, które zanieczyszczają wodę substancjami odżywczymi, takimi jak azot i fosfor, co prowadzi do eutrofizacji. Ponadto, przemysłowe ścieki przyczyniają się do chemicznego zanieczyszczenia rzek, jezior i wód przybrzeżnych.
Również strukturalne zmiany w korytach wodnych, takie jak tamy i kanały, przyczyniły się do pogorszenia ekologicznego stanu wód, jak wynika z nowego raportu Europejskiej Agencji Środowiska.
Wody powierzchniowe są uważane za kluczowe dla zachowania bioróżnorodności, jednak w wielu regionach północno-zachodniej Europy (w tym w Belgii, Holandii i Niemczech) jakość ponad 90% zbiorników wodnych oceniana jest jako umiarkowana, zła lub bardzo zła.

