Biopaliwa są postrzegane jako alternatywa dla paliw kopalnych, mająca na celu zmniejszenie emisji gazów cieplarnianych w sektorze transportu i przewozów. W ciągu ostatnich dziesięciu lat UE wydała około 430 milionów euro na dotacje wspierające rozwój biopaliw. Jednak przejście od badań laboratoryjnych do faktycznej produkcji na dużą skalę nie wystartowało i może zająć jeszcze wiele lat.
Jednym z długotrwałych oczekiwań było to, że naturalne produkty z rolnictwa i ogrodnictwa mogłyby stanowić surowce dla nowych, przyjaznych dla środowiska paliw. Jak dotąd produkowane biopaliwa są przede wszystkim używane jako domieszki do tradycyjnej benzyny, diesla i nafty, i to tylko w bardzo ograniczonym zakresie.
Dodatkowo dostępność odpowiedniej biomasy ogranicza wykorzystanie biopaliw. Komisja Europejska spodziewała się, że promowanie i stosowanie biopaliw zwiększy niezależność energetyczną UE. W rzeczywistości jednak wiele surowców jest głównie importowanych z krajów trzecich (np. import używanych olejów do smażenia i pieczenia z Chin, Wielkiej Brytanii, Malezji i Indonezji).
Europejski Trybunał Obrachunkowy stwierdza, że polityka UE nie jest w stanie pobudzić produkcji i inwestycji w tym nowym sektorze. Przykładowo, lotnictwo mogłoby być dużym odbiorcą biopaliw, nad czym UE już podjęła decyzje. Ustalono wymagany poziom zrównoważonego paliwa lotniczego na rok 2030 na 2,76 miliona ton oleju równoważnego, podczas gdy obecna potencjalna pojemność produkcyjna sięga zaledwie jednej dziesiątej tej ilości.
Przyszłość biopaliw w transporcie drogowym również stała się w ostatnich latach niejasna. Silny nacisk na przejście na samochody elektryczne, w połączeniu z zaprzestaniem sprzedaży nowych aut benzynowych i diesla od 2035 roku, może oznaczać, że biopaliwa nie będą mogły być stosowane na szeroką skalę w transporcie drogowym UE.