Głównym przedmiotem krytyki jest nowa konstrukcja prawna i finansowa wspólnej polityki rolnej (WPR). Po raz pierwszy od 1962 roku nie będzie osobnego funduszu rolnego. Zamiast tego środki przeznaczone na rolnictwo zostaną włączone do szerokiego funduszu w ramach wieloletnich ram finansowych na lata 2028 – 2034.
Fundusz ten, o wartości około 865 miliardów euro, ma łączyć różne programy polityki UE w krajowych planach dla każdego państwa członkowskiego. Według Trybunału Obrachunkowego zwiększa to niepewność dla sektora rolnego. Całkowity budżet zostanie bowiem ostatecznie ustalony dopiero po zatwierdzeniu planów krajowych przez Brukselę.
Na rolnictwo zaplanowano cięcia sięgające dziesiątek miliardów euro, ponieważ UE chce w nadchodzących latach przeznaczyć znaczne dodatkowe środki na wzmocnienie europejskiej gospodarki oraz obronności. Ponadto dziesiątki miliardów na rolnictwo są utrzymywane „w rezerwie”. Państwa członkowskie proszone są o zwiększenie swoich wkładów na sektor rolny, ale sama branża musi czekać i mieć nadzieję, że tak się stanie.
Kolejnym ważnym punktem obaw jest większa swoboda państw członkowskich UE w wyborze i realizacji własnych krajowych planów. Choć indywidualne podejście może mieć zalety, ETO ostrzega, że może to osłabić wspólny charakter polityki rolnej i prowadzić do zakłóceń konkurencji między państwami UE.
Większa autonomia państw członkowskich w polityce rolnej została wprowadzona już kilka lat temu wraz z ustanowieniem tzw. krajowych planów strategicznych, także pod presją rolników i ich organizacji sprzeciwiających się nadmiernej kontroli Brukseli.
Istnieje też niejasność co do tego, które środki mają być rozliczane na podstawie faktycznej produkcji, a które na podstawie wskaźników obliczeniowych lub teoretycznych celów. Według Trybunału Obrachunkowego w każdym przypadku należy zapewnić pełną odpowiedzialność i możliwość śledzenia funduszy UE aż do ostatecznych beneficjentów. W ostatnich latach w kilku państwach UE ujawniono przypadki nadużyć i oszustw związanych z unijnymi dotacjami rolnymi.
Komisja Europejska broni swoich propozycji, twierdząc, że nowa struktura ma na celu zmniejszenie obciążeń administracyjnych dla rolników oraz przyspieszenie finansowego wsparcia dla rolnictwa. W nadchodzącym roku negocjacje dotyczące nowej polityki rolnej w Brukseli będą prowadzone równolegle z rozmowami o nowym budżecie wieloletnim.