Especialmente o uso de produtos químicos na agricultura está sob crítica.
A Comissão Europeia afirma que as medidas atuais contra a poluição da água são insuficientes. Segundo várias pesquisas, nitrato e outros produtos químicos agrícolas são causas importantes da má qualidade da água. Principalmente em regiões com agricultura intensiva, rios, lagos e águas subterrâneas estão gravemente poluídos.
Por essa razão, a Comissão quer endurecer a atual Diretiva dos Nitratos. A proposta inclui, entre outras coisas, a redução do consumo de água em dez por cento até 2030. A Comissão ressalta os crescentes problemas de seca na Europa e alerta para possíveis consequências na segurança alimentar e na biodiversidade.
A proposta, segundo várias fontes, é controversa dentro do Parlamento Europeu. Especialmente na comissão da agricultura e entre organizações de interesse agrícola, espera-se forte oposição. Eles temem que regras ambientais mais rigorosas prejudiquem os agricultores e pressionem a produção de alimentos.
Outro ponto de discórdia é a sensibilidade política em relação às leis ambientais e climáticas do Pacto Ecológico Europeu. Segundo Politico, membros do PPE, a maior bancada no Parlamento Europeu, exigiram que no projeto de relatório sobre gestão da água toda referência ao Pacto Ecológico fosse removida — nem a palavra 'Green Deal' deve ser mencionada.
A crítica do parlamento não se limita apenas ao conteúdo. Segundo relatos, há também objeções à comunicação da Comissão Europeia: ela apresentaria as propostas como técnicas e necessárias, enquanto as implicações para a agricultura e economia são politicamente carregadas.
Várias fontes observam uma tendência crescente em que interesses de curto prazo, como crescimento econômico e fornecimento de alimentos, parecem pesar mais do que medidas de longo prazo para a sustentabilidade. A Comissão enfatiza, porém, que a inação aumenta o risco de seca estrutural e danos ambientais.
Mesmo assim, a Comissão Europeia parece decidida a avançar com a proposta. Apontam-se compromissos anteriores dos países da UE para melhor proteção ambiental que até agora não foram cumpridos adequadamente. Ainda não está claro em que forma a proposta será finalmente aprovada. O que está claro é que a gestão da água está ganhando cada vez mais destaque na agenda de Bruxelas.

