O cerne do regulamento proposto pela Comissão Europeia é a classificação das técnicas NGT em duas categorias. Plantas e alimentos naturais cuja alteração genética também pode ocorrer por mutação natural deixam de ser classificadas como alimentos geneticamente modificados. No entanto, todas as outras plantas NGT ainda devem estar sujeitas às regras para organismos geneticamente modificados.
Porém, a posição agora adotada pelos países da UE não decide sobre alguns pontos delicados, como a inclusão de um 'dever de notificação' nos rótulos caso o alimento tenha sido modificado por técnica OGM. Os países da UE evitam essa decisão ao incluir a possibilidade de opt-out, deixando a autorização de algumas novas técnicas a critério dos próprios países.
O compromisso do Conselho permite aos países da UE proibirem no seu território o cultivo de plantas NGT da segunda categoria. Eles também podem tomar medidas para prevenir a disseminação dessas plantas, tanto dentro de suas fronteiras quanto além delas. A Alemanha não concorda com essa regra excecional.
A crítica à posição atual da maioria dos países da UE vem, entre outros, de eurodeputados verdes no Parlamento Europeu. O alemão Martin Häusling descreveu a proposta como uma 'desregulamentação radical' e criticou a ausência de exigências em relação à rotulagem, rastreabilidade e responsabilidade.
Com o mandato de negociação dos países da UE, agora podem começar as negociações trilaterais com o Parlamento Europeu e a Comissão Europeia. Só quando houver consenso entre as três instituições, o regulamento poderá ser aprovado e entrar em vigor.
O Parlamento Europeu já defendeu anteriormente regulamentos mais rigorosos, especialmente em relação à rotulagem e direitos de patente. A agricultura orgânica e os sistemas de produção isentos de OGM correm maior perigo. A proposta atual da Comissão elimina as regras para a coexistência da agricultura orgânica e convencional com manipulação genética.