O cerne do regulamento proposto pela Comissão Europeia é a classificação das técnicas NGT em duas categorias. Plantas e alimentos naturais cuja alteração genética também pode ocorrer por mutação natural deixam de ser classificadas como alimentos geneticamente modificados. No entanto, todas as outras plantas NGT ainda devem estar sujeitas às regras para organismos geneticamente modificados.
Porém, a posição agora adotada pelos países da UE não decide sobre alguns pontos delicados, como a inclusão de um 'dever de notificação' nos rótulos caso o alimento tenha sido modificado por técnica OGM. Os países da UE evitam essa decisão ao incluir a possibilidade de opt-out, deixando a autorização de algumas novas técnicas a critério dos próprios países.
O compromisso do Conselho permite aos países da UE proibirem no seu território o cultivo de plantas NGT da segunda categoria. Eles também podem tomar medidas para prevenir a disseminação dessas plantas, tanto dentro de suas fronteiras quanto além delas. A Alemanha não concorda com essa regra excecional.