De acordo com o tribunal, a ministra não podia considerar fatores econômicos com base na legislação europeia (como os agricultores exigiam), apenas aspectos ecológicos e naturais. O tribunal entendeu que os habitats foram incluídos na legislação Natura2000 desde sua implementação, mas que seu estado natural pode ter se deteriorado nos últimos anos.
Nesse caso, o governo poderia até ser repreendido pela UE se a chamada proibição de deterioração fosse violada e a ministra nada fizesse a esse respeito.
Contra a decisão da ministra, muitos recursos foram apresentados em vários tribunais por toda a Holanda. O tribunal de Arnhem tratou por volta de 70 processos em diversas sessões no meio de março. A maioria dos recursos foi apresentada por agricultores preocupados com as consequências da atualização. A Associação de Meio Ambiente também submeteu uma resposta para evitar que a proteção das áreas Natura 2000 fosse revertida.
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O tribunal ressaltou na sentença estar ciente de que as empresas (agrícolas) se preocupam com o impacto dessa decisão em seus negócios. Muitos deles disseram não ter percebido anteriormente que a designação das áreas Natura 2000 teria um impacto tão grande.
Além disso, atualmente as empresas agrícolas sentem uma pressão enorme devido aos problemas relacionados ao nitrogênio e consideram injusto que especialmente o setor agrícola pareça ser o mais afetado. A controvertida decisão de modificação é um bom exemplo disto, pois agora se mostra que as áreas Natura 2000 anteriormente designadas podem ser ajustadas posteriormente.
Na decisão final, o tribunal manteve a decisão do governo. Isso ocorre porque a ministra está obrigada pelo direito europeu a garantir que a proteção dos habitats e espécies nas áreas Natura 2000 seja correta. Se dados ecológicos atuais mostrarem que espécies ou habitats não foram incluídos, a ministra é obrigada a corrigir essa designação anterior.
O que a ministra deveria ter feito anteriormente era disponibilizar os mapas dos tipos de habitats para consulta pública. No entanto, ela não fez isso. Ainda assim, isso não altera o resultado dos processos, pois os mapas dos tipos de habitats estiveram disponíveis durante as contestações, dando aos agricultores mais de um ano para responder. Muitos dos (agricultores) não o fizeram.