Esenta reglementării propuse de Comisia Europeană este clasificarea tehnicilor NGT în două categorii. Plantele și alimentele naturale a căror modificare genetică poate apărea și prin mutație naturală nu mai sunt considerate alimente modificate genetic. Însă toate plantele NGT din cealaltă categorie trebuie să rămână încadrate în regulile privind organismele modificate genetic.
Dar poziția obținută acum de țările UE nu face încă o alegere clară pentru a rezolva câteva puncte sensibile, precum includerea unei „obligații de notificare” pe etichete dacă un aliment a fost modificat cu tehnici OGM. Țările UE evită această decizie introducând posibilitatea unei opțiuni de excludere (opt-out), lăsând astfel aprobarea anumitor tehnici noi la latitudinea statelor membre.
Compromisul Consiliului permite țărilor UE să interzică cultivarea plantelor NGT din a doua categorie pe teritoriul lor. Ele pot lua de asemenea măsuri pentru a împiedica răspândirea acestor plante, atât în interiorul frontierelor proprii, cât și peste acestea. Germania nu este de acord cu o astfel de regulă excepțională.

