Esenta reglementării propuse de Comisia Europeană este clasificarea tehnicilor NGT în două categorii. Plantele și alimentele naturale a căror modificare genetică poate apărea și prin mutație naturală nu mai sunt considerate alimente modificate genetic. Însă toate plantele NGT din cealaltă categorie trebuie să rămână încadrate în regulile privind organismele modificate genetic.
Dar poziția obținută acum de țările UE nu face încă o alegere clară pentru a rezolva câteva puncte sensibile, precum includerea unei „obligații de notificare” pe etichete dacă un aliment a fost modificat cu tehnici OGM. Țările UE evită această decizie introducând posibilitatea unei opțiuni de excludere (opt-out), lăsând astfel aprobarea anumitor tehnici noi la latitudinea statelor membre.
Compromisul Consiliului permite țărilor UE să interzică cultivarea plantelor NGT din a doua categorie pe teritoriul lor. Ele pot lua de asemenea măsuri pentru a împiedica răspândirea acestor plante, atât în interiorul frontierelor proprii, cât și peste acestea. Germania nu este de acord cu o astfel de regulă excepțională.
Critici la adresa poziției actuale adoptate de majoritatea țărilor UE vin, printre alții, de la europarlamentarii verzi din Parlamentul European. Germanul Martin Häusling a descris propunerea ca o „dereglementare radicală” și a criticat lipsa cerințelor privind etichetarea, trasabilitatea și răspunderea.
Cu mandatul de negociere al țărilor UE, pot începe acum negocierile trilog cu Parlamentul European și Comisia Europeană. Abia după ce cele trei instituții ajung la un acord, regulamentul poate fi adoptat și intră în vigoare.
Parlamentul European a pledat anterior pentru o reglementare mai strictă, în special în domeniul etichetării și drepturilor de brevetare. În special agricultura ecologică și sistemele de producție fără organisme modificate genetic sunt expuse riscului. Propunerea actuală a Comisiei elimină regulile pentru coexistența agriculturii organice cu cea convențională care utilizează manipularea genetică.