Principalele surse de poluare sunt îngrășămintele și substanțele chimice din agricultură, care poluează apa cu nutrienți precum azotul și fosforul, ceea ce duce la eutrofizare. În plus, apele uzate industriale contribuie la poluarea chimică a râurilor, lacurilor și apelor de coastă.
Totodată, modificările structurale ale căilor de apă, cum ar fi barajele și canalizarea, au contribuit la declinul ecologic, arată un nou raport al Agenției Europene pentru Mediu.
Apele de suprafață sunt considerate cruciale pentru menținerea biodiversității, dar în multe regiuni din Europa de Nord-Vest (inclusiv Belgia, Olanda și Germania), calitatea a peste 90% din corpurile de apă este descrisă ca fiind moderată, proastă sau foarte proastă.

