Principalele surse de poluare sunt îngrășămintele și substanțele chimice din agricultură, care poluează apa cu nutrienți precum azotul și fosforul, ceea ce duce la eutrofizare. În plus, apele uzate industriale contribuie la poluarea chimică a râurilor, lacurilor și apelor de coastă.
Totodată, modificările structurale ale căilor de apă, cum ar fi barajele și canalizarea, au contribuit la declinul ecologic, arată un nou raport al Agenției Europene pentru Mediu.
Apele de suprafață sunt considerate cruciale pentru menținerea biodiversității, dar în multe regiuni din Europa de Nord-Vest (inclusiv Belgia, Olanda și Germania), calitatea a peste 90% din corpurile de apă este descrisă ca fiind moderată, proastă sau foarte proastă.
Revizuirea iminentei directive UE privind poluarea solului și abordarea scurgerilor de substanțe chimice sunt, prin urmare, esențiale. Această revizuire a directivei-cadru trebuie nu doar să îmbunătățească calitatea apei, ci și să restaureze sănătatea ecosistemelor.
Pe lângă poluarea amenințătoare a apelor de suprafață, Europa trebuie să țină cont și de schimbările climatice, care pun și mai multă presiune pe asigurarea apei. Creșterea temperaturilor, schimbările în modelele de precipitații și perioadele vegetative de secetă duc la o creștere a stresului hidric în diverse regiuni, în special în sudul Europei. Apele precum râurile și lacurile se poluează mai rapid acolo, ceea ce afectează în continuare calitatea apei.