Conform tribunalului, ministrul nu avea voie, în baza legislației europene, să ia în considerare motive economice (așa cum solicitau fermierii), ci doar criterii ecologice și naturale. Tribunalul stabilește că habitatele au fost deja incluse la implementarea legislației Natura2000, dar starea lor naturală s-ar fi putut deteriora în ultimii ani.
În acest caz, chiar guvernul ar putea fi sanctionat de UE dacă se încalcă așa-numita interdicție de degradare, iar ministrul nu ar lua nicio măsură împotriva acestui fapt.
Împotriva deciziei ministrului au fost depuse numeroase recursuri în întreaga Olanda, la mai multe tribunale. Tribunalul din Arnhem a dezbătut în martie aproximativ 70 de cazuri în mai multe ședințe. Majoritatea recursurilor au fost depuse de ferme care se tem de impactul actualizării. De asemenea, Asociația Leefmilieu a depus o reacție pentru a preveni diminuarea protecției zonelor Natura 2000.
Tribunalul afirmă în sentință că înțelege îngrijorarea companiilor (fermieri) privind impactul acestei decizii asupra activităților lor. Mulți dintre aceștia declară că nu au realizat de la început că desemnarea zonelor Natura 2000 ar avea un impact atât de mare.
Mai mult, fermele simt în prezent o presiune uriașă din cauza problemelor legate de azot și consideră nerezonabil faptul că sectorul agricol pare să fie principalul afectat. Controversa deciziei de modificare este un exemplu clar, deoarece acum s-a demonstrat că zonele Natura 2000 desemnate anterior pot fi ajustate ulterior.
În sentința finală, tribunalul menține decizia guvernamentală. Aceasta deoarece ministrul este obligat prin dreptul european să asigure corectitudinea protecției habitatelor și speciilor din zonele Natura 2000. Dacă datele ecologice actuale arată că anumite specii sau habitate nu au fost incluse, ministrul are obligația să corecteze desemnările anterioare.
Ce trebuia ministrul să facă anterior era să pună hărțile tipurilor de habitat în consultare publică. Însă acest lucru nu a fost făcut. Totuși, acest fapt nu schimbă rezultatul cazurilor, deoarece hărțile tipurilor de habitat au fost totuși disponibile în procedurile de recurs, oferind fermierilor mai mult de un an să reacționeze. Mulți dintre aceștia nu au făcut-o.