Главная суть предложенного Европейской комиссией регулирования заключается в разделении технологий NGT на две категории. Растения и натуральные продукты питания, генетические изменения которых могут возникать естественным путём мутации, более не будут классифицироваться как генетически модифицированные продукты. Однако все остальные растения, созданные с помощью NGT, по-прежнему должны подпадать под правила, регулирующие генетически модифицированные организмы.
Тем не менее, текущее достигнутое согласие стран ЕС не решает ряд острых вопросов, например обязательную «декларацию» на этикетках продуктов, обработанных с использованием ГМО-технологий. Страны ЕС избегают этого решения, вводя возможность отказа (opt-out), позволяющую отдельным государствам самостоятельно решать, допускать ли применение некоторых новых технологий.
Компромисс, достигнутый Советом, позволяет странам ЕС запретить выращивание растений второй категории NGT на их территории. Также они могут принимать меры для предотвращения распространения таких растений как внутри своих границ, так и за их пределами. Германия выступает против такого исключения.
Критика в адрес позиции большинства стран ЕС исходит, в частности, от «зеленых» евродепутатов в Европарламенте. Немецкий депутат Мартин Хойслинг охарактеризовал предложение как «радикальную дерегуляцию» и подверг критике отсутствие требований по маркировке, отслеживанию и ответственности.
С мандатом на переговоры от стран ЕС теперь могут начаться трилоговые переговоры с Европейским парламентом и Европейской комиссией. Только после достижения согласия между тремя институтами постановление может быть принято и вступить в силу.
Ранее Европейский парламент выступал за более жёсткое регулирование, особенно в вопросах маркировки и патентного права. Особенно рискуют органическое сельское хозяйство и производства без ГМО. Текущее предложение Комиссии отменяет правила сосуществования органического и обычного сельского хозяйства с генетической модификацией.