Основными источниками загрязнения являются удобрения и химические вещества из сельского хозяйства, которые загрязняют воду питательными веществами, такими как азот и фосфор, что приводит к эвтрофикации. Кроме того, промышленные сточные воды способствуют химическому загрязнению рек, озер и прибрежных вод.
Также структурные изменения в водных путях, такие как дамбы и канализация, способствовали экологическому ухудшению, как следует из нового доклада Агентства по охране окружающей среды ЕС.
Поверхностные воды считаются критически важными для поддержания биоразнообразия, но во многих регионах Северо-Западной Европы (включая Бельгию, Нидерланды и Германию) качество более 90% водоемов оценивается как умеренное, плохое или очень плохое.

