Биотопливо рассматривается как альтернатива ископаемому топливу для снижения парниковых газов в транспортном секторе. За последние десять лет ЕС выделил около 430 миллионов евро субсидий на стимулирование производства биотоплива. Однако переход от лабораторных исследований к масштабному производству так и не состоялся и может занять еще много лет.
Долгое время ожидалось, что природные продукты сельского и садоводческого хозяйства станут сырьём для новых экологичных видов топлива. На данный момент производимое биотопливо в основном используется как добавка к обычному бензину, дизелю и керосину, и то в весьма ограниченном объёме.
Кроме того, доступность подходящей биомассы ограничивает применение биотоплива. Европейская комиссия ожидала, что стимулирование и использование биотоплива повысит энергетическую независимость ЕС. Но на практике многие сырьевые материалы импортируются из третьих стран (например, использованное кулинарное масло импортируется из Китая, Великобритании, Малайзии и Индонезии).
Европейская счётная палата заключает, что европейская политика не смогла запустить производство и инвестиции в этом новом секторе. Например, авиация могла бы стать крупным потребителем биотоплива, и по этому поводу ЕС уже принял решения. В них установлен необходимый уровень использования устойчивого авиационного топлива к 2030 году в 2,76 миллиона тонн нефтяного эквивалента, в то время как текущая потенциальная производственная мощность едва достигает десятой части от этого объёма.
Будущее биотоплива в автомобильном транспорте также стало неясным в последние годы. Активное продвижение электромобилей в сочетании с прекращением выпуска новых бензиновых и дизельных автомобилей с 2035 года может означать, что применение биотоплива в дорожном транспорте ЕС будет практически ограничено масштабом.