Glavni viri onesnaženja so gnojila in kemične snovi iz kmetijstva, ki onesnažujejo vodo z hranili, kot sta dušik in fosfor, kar vodi do evtrofiracije. Poleg tega industrijske odpadne vode prispevajo k kemičnemu onesnaženju rek, jezer in obalnih voda.
Strukturne spremembe na vodnih poteh, kot so jezovi in regulacija, so prav tako prispevale k ekološkemu upadu, izhaja iz novega poročila Evropske agencije za okolje.
Površinske vode so ključnega pomena za ohranjanje biotske raznovrstnosti, vendar se v številnih regijah severozahodne Evrope (vključno z Belgijo, Nizozemsko in Nemčijo) kakovost več kot 90 % vodnih teles ocenjuje kot zmerno, slabo ali zelo slabo.

