Predvsem je pod drobnogledom uporaba kemikalij v kmetijstvu.
Evropska komisija meni, da so trenutni ukrepi proti onesnaževanju vode nezadostni. Po več raziskavah so nitrat in druge kmetijske kemikalije glavni vzroki slabe kakovosti vode. Še posebej so reke, jezera in podtalnica močno onesnaženi v regijah z intenzivnim kmetijstvom.
Zaradi tega želi komisija zaostriti obstoječo Direktivo o nitratih. Predlog med drugim poziva k zmanjšanju porabe vode za deset odstotkov do leta 2030. Komisija opozarja na naraščajoče težave s sušo v Evropi in opozarja na možne posledice za varnost hrane in biotsko raznovrstnost.
Predlog je po poročanju več virov sporen znotraj Evropskega parlamenta. Še posebej v odboru za kmetijstvo in med kmetijskimi interesnimi organizacijami se pričakuje močan odpor. Bojijo se, da bodo strožji okoljski predpisi prizadeli kmete in povzročili pritisk na pridelavo hrane.
Druga sporna točka je politična občutljivost okoli okoljskih in podnebnih zakonov Green Deala. Po poročanju Politica so člani največje poslanske skupine v Evropskem parlamentu, EPP, zahtevali, da se v osnutku poročila o upravljanju z vodo izbriše vse omembe Green Deala – celo beseda »Green Deal« ne sme biti omenjena.
Kritike iz parlamenta niso omejene le na vsebino. Po poročilih je tudi nasprotovanje komunikaciji Evropske komisije: predloge naj bi predstavljali kot tehnične in nujne, medtem ko so njihove posledice za kmetijstvo in gospodarstvo politično obremenjene.
Več virov opaža naraščajoči trend, kjer se zdi, da kratkoročni interesi, kot so gospodarska rast in preskrba s hrano, prevladujejo nad dolgoročnimi ukrepi za trajnost. Komisija pa poudarja, da neukrepanje povečuje tveganje za strukturne suše in okoljsko škodo.
Kljub temu se zdi, da je Evropska komisija odločna nadaljevati s predlogom. Navajajo se prejšnje zaveze držav EU za boljšo varstvo okolja, ki doslej niso bile dovolj spoštovane. Še ni jasno, v kakšni obliki bo predlog na koncu sprejet. Vendar je jasno, da upravljanje z vodo vse bolj pridobiva na pomenu na bruseljskem dnevnem redu.