Jedro predloga, ki ga je predstavila Evropska komisija, je razdelitev NGT-tehnologij v dve kategoriji. Rastline in naravna hrana, pri katerih lahko do genetskih sprememb pride tudi z naravno mutacijo, ne bodo več klasificirane kot gensko spremenjena hrana. Vse druge NGT-rastline pa morajo še vedno spadati pod pravila o gensko spremenjenih organizmih.
Vendar pa danes doseženi položaj držav EU še ni odločil o nekaterih občutljivih vprašanjih, kot je uvedba 'obveznosti prijave' na označbah, če je hrana obdelana z GMO-tehnologijo. Države EU se izogibajo tej odločitvi z možnostjo izvzetja, pri čemer dovoljenje nekaterih novih tehnik prepuščajo državam samim.
Kompromise Sveta dopuščajo državam EU prepoved gojenja NGT-rastlin druge kategorije na njihovem ozemlju. Prav tako lahko uvedejo ukrepe za preprečevanje širjenja teh rastlin tako znotraj svojih meja kot čez meje. Nemčija s to izjemo ni strinjena.
Kritike proti trenutno sprejetemu stališču večine držav EU prihajajo predvsem od zelenih evropskih poslancev v Evropskem parlamentu. Nemec Martin Häusling je predlog označil kot 'radikalno deregulacijo' in kritiziral odsotnost zahtev glede označevanja, sledljivosti in odgovornosti.
S pooblastilom za pogajanja držav EU se zdaj lahko začnejo trilog pogajanja z Evropskim parlamentom in Evropsko komisijo. Šele ko bodo tri institucije dosegle dogovor, bo uredba lahko sprejeta in začela veljati.
Evropski parlament se je že pred tem zavzemal za strožje predpise, zlasti na področju označevanja in patentnih pravic. Najbolj so ogroženi biološko kmetovanje in sistemi pridelave brez GMO. Trenutni predlog Komisije odpravlja pravila, ki so omogočala sožitje biološke in običajne pridelave z gensko manipulacijo.