Huvudpunkten i den av Europeiska kommissionen föreslagna regleringen är uppdelningen av NGT-tekniker i två kategorier. Växter och naturliga livsmedel där den genetiska förändringen också kan uppstå genom naturliga mutationer klassificeras inte längre som genetiskt modifierade livsmedel. Alla andra NGT-växter måste dock fortfarande omfattas av reglerna för genetiskt modifierade organismer.
Men den nu uppnådda ståndpunkten bland EU-länderna tar ännu inget beslut för att lösa vissa känsliga frågor, såsom att införa en 'anmälningsplikt' på etiketter om livsmedel har bearbetats med GMO-teknik. EU-länderna undviker detta val genom att möjliggöra ett så kallat opt-out, där tillåtelsen av vissa nya tekniker lämnas till länderna själva.
Rådets kompromiss tillåter EU-länderna att förbjuda odlingen av NGT-växter av den andra kategorin på sin mark. De kan också vidta åtgärder för att förhindra spridning av dessa växter, både inom och över deras gränser. Tyskland är dock inte enig om en sådan undantagsregel.
Kritik mot den nuvarande ståndpunkten från en majoritet av EU-länderna kommer bland annat från gröna Europaparlamentariker i Europaparlamentet. Den tyske Martin Häusling beskrev förslaget som en 'radikal avreglering' och kritiserade bristen på krav inom områdena märkning, spårbarhet och ansvarsskyldighet.
Med mandatet från EU-länderna kan nu trilogförhandlingarna med Europaparlamentet och Europeiska kommissionen inledas. Först när en överenskommelse nåtts mellan de tre institutionerna kan förordningen antas och träda i kraft.
Europaparlamentet har tidigare förespråkat strängare reglering, särskilt inom märkning och patentskydd. Särskilt ekologiskt jordbruk och GMO-fria produktionssystem riskeras. Nuvarande kommissionsförslag avskaffar reglerna för samexistens mellan ekologiskt och konventionellt jordbruk med genetisk manipulation.