Huvudpunkten i den av Europeiska kommissionen föreslagna regleringen är uppdelningen av NGT-tekniker i två kategorier. Växter och naturliga livsmedel där den genetiska förändringen också kan uppstå genom naturliga mutationer klassificeras inte längre som genetiskt modifierade livsmedel. Alla andra NGT-växter måste dock fortfarande omfattas av reglerna för genetiskt modifierade organismer.
Men den nu uppnådda ståndpunkten bland EU-länderna tar ännu inget beslut för att lösa vissa känsliga frågor, såsom att införa en 'anmälningsplikt' på etiketter om livsmedel har bearbetats med GMO-teknik. EU-länderna undviker detta val genom att möjliggöra ett så kallat opt-out, där tillåtelsen av vissa nya tekniker lämnas till länderna själva.
Rådets kompromiss tillåter EU-länderna att förbjuda odlingen av NGT-växter av den andra kategorin på sin mark. De kan också vidta åtgärder för att förhindra spridning av dessa växter, både inom och över deras gränser. Tyskland är dock inte enig om en sådan undantagsregel.