Kommissionen föreslog i februari ett brett paket av avregleringsåtgärder, inklusive en "förenklingsomnibus" som undantar tusentals mindre företag från skyldigheter vad gäller hållbarhet och klimatrapportering.
Ombudsmannen Teresa Anjinho konstaterar att Kommissionen inte genomfört någon konsekvensanalys, offentliga samråd eller samstämmighetsundersökning innan dessa skyldigheter drogs tillbaka.
Hon kritiserar den extremt snabba processen: interna samråd inom Europeiska kommissionen på endast 24 timmar istället för de vanliga tio dagarna. Det finns ingen påvisad nödsituation som skulle motivera en sådan brådska, säger ombudsmannen.
Kommissionen försvarar sig med att mindre företag redan i år omfattades av hållbarhetsreglerna och att det fanns ett akut behov av klarhet inom det ekonomiska stimulansprogrammet.
Miljö- och konsumentorganisationer uttrycker oro över att avskaffandet av obligatoriska kontroller och granskningar för mindre företag kan leda till ökad skada på miljö och klimat samt till försämrad produktkvalitet.
De hävdar att Kommissionen brutit mot procedurerna för "better law-making" genom att inte anordna offentliga samråd, inte genomföra en konsekvensstudie och inte motivera varför regelbördan plötsligt sänktes.
Ombudsmannen påpekar att en sådan förhastad borttagning av regler utan föregående undersökning kan undergräva förtroendet för Bryssel och skada den demokratiska transparensen inom EU:s institutioner.
Europeiska kommissionen måste enligt gällande procedurer skriftligen svara på ombudsmannens frågor senast den 15 september.