Enligt domstolen fick ministern enligt europeisk lagstiftning inte ta hänsyn till ekonomiska överväganden (som bönderna hade krävt), utan endast ekologiska och naturvetenskapliga. Domstolen bedömer att naturtyperna redan togs med vid införandet av Natura2000-lagstiftningen, men att deras naturliga status kan ha försämrats under de senaste åren.
I så fall skulle staten till och med kunna bli anklagad av EU om det så kallade försämringsförbudet bryts, och ministern inte vidtar åtgärder.
Mot ministerbeslutet har många överklaganden lämnats in över hela Nederländerna till olika domstolar. Domstolen i Arnhem behandlade i mitten av mars cirka 70 ärenden under flera förhandlingar. De flesta överklaganden lämnades in av jordbruksföretag som är oroade över konsekvenserna av uppdateringen. Även föreningen Vereniging Leefmilieu lämnade in en reaktion för att förhindra att skyddet av Natura2000-områdena skulle försvagas.
Domstolen säger i domen att den är medveten om att (jordbruks)företagen oroar sig för beslutets påverkan på deras verksamheter. Många av dem säger att de inte i förväg hade förstått att utpekandet av Natura2000-områden skulle få en så stor inverkan.
Vidare känner jordbruksföretagen just nu en enorm press från kväveproblematiken och anser att det är orimligt att särskilt den agrara sektorn verkar bli lidande. Det omdiskuterade ändringsbeslutet är ett tydligt exempel på detta, eftersom det nu visar sig att Natura2000-områden som tidigare pekats ut kan ändras i efterhand.
I det slutgiltiga domen låter domstolen regeringsbeslutet stå kvar. Detta eftersom ministern utifrån europeisk rätt är skyldig att säkerställa att (skyddet av) livsmiljöer och arter i Natura2000-områden är korrekt. Om aktuell ekologisk data visar att arter eller livsmiljöer inte är inkluderade, är ministern skyldig att rätta till den tidigare utpekningen.
Det ministern dock borde ha gjort tidigare är att lägga ut kartorna över habitattyper för insyn. Det har ministern inte gjort. Trots detta ändrar det inte resultatet av ärendena, eftersom habitattypkartorna ändå fanns tillgängliga i överklagandena, vilket gav bönderna gott om tid, mer än ett år, att yttra sig. Många av (jordbruks)företagen gjorde inte det.