Den centrala kritiken gäller den nya juridiska och finansiella strukturen för den gemensamma jordbrukspolitiken (GJP). För första gången sedan 1962 skulle det inte längre finnas ett separat jordbruksfond. Istället kommer jordbrukspengarna att samlas i en bred fond inom flerårsbudgeten 2028–2034.
Denna fond, med en omfattning på cirka 865 miljarder euro, ska samla olika EU-politiska program i nationella planer för varje EU-land. Enligt revisionsrätten ökar detta osäkerheten för jordbruket. Den totala budgeten fastställs nämligen slutgiltigt först efter att de nationella planerna per land har godkänts av Bryssel.
För jordbruket är en nedskärning på tiotals miljarder budgeterad eftersom EU de kommande åren vill frigöra mycket extra pengar för att stärka den europeiska ekonomin och för försvaret. Dessutom hålls tiotals miljarder jordbruksmedel "i reserv". EU-länderna uppmanas att höja sina bidrag till sitt jordbruk, men sektorn får vänta och se om dessa länder faktiskt gör det.
En annan viktig oro är den större flexibiliteten för EU-länderna i deras val och utformning av sina nationella planer. Även om skräddarsydda lösningar kan ha fördelar varnar ER att detta kan påverka jordbrukspolitikens gemensamma karaktär och leda till konkurrenssnedvridningar mellan EU-länder.
Den större autonomin för EU-länderna inom jordbrukspolitiken har redan påbörjats för några år sedan med införandet av de så kallade nationella strategiska planerna, delvis på initiativ av jordbrukare och deras organisationer som motsätter sig för stor kontroll från Bryssel.
Det råder också oklarhet kring vilka åtgärder som ska redovisas baserat på faktisk produktion och vilka som ska baseras på aritmetiska milstolpar eller teoretiska mål. Enligt ER måste ansvarsskyldigheten och spårbarheten för EU-subsidier till slutmottagarna alltid garanteras. Under de senaste åren har det i flera EU-länder blivit tydligt att det förekommit fusk och bedrägeri med europeiska jordbrukssubventioner.
Kommissionen försvarar sina förslag och hävdar att den nya strukturen är avsedd att minska administrativa bördor för bönder och påskynda det ekonomiska stödet till jordbrukare. Under det kommande året kommer förhandlingarna i Bryssel om den nya jordbrukspolitiken att ske parallellt med förhandlingarna om den nya flerårsbudgeten.