Ana kirlilik kaynakları, tarımdan gelen gübreler ve kimyasallardır; bunlar azot ve fosfor gibi besin maddeleriyle suyu kirleterek ötrofikasyona yol açar. Ayrıca, endüstriyel atık sular da nehirlerin, göllerin ve kıyı sularının kimyasal kirliliğine katkıda bulunmaktadır.
Dolayısıyla, barajlar ve kanallaşma gibi su yollarındaki yapısal değişiklikler de ekolojik gerilemeye katkı sağlamıştır; bu, AB Çevre Ajansı’nın yeni raporunda ortaya konmuştur.
Yüzey suları biyolojik çeşitliliğin korunmasında kritik öneme sahiptir ancak Kuzeybatı Avrupa’daki (Belçika, Hollanda ve Almanya dahil) birçok bölgedeki su kütlelerinin %90’ından fazlasının kalitesi orta, kötü ya da çok kötü olarak tanımlanmaktadır.
Bu nedenle, toprak kirliliği ve kimyasalların sulara sızmasına ilişkin AB direktiflerinin yakında yapılacak gözden geçirilmesi büyük önem taşımaktadır. Bu çerçeve direktif revizyonu, yalnızca su kalitesini iyileştirmekle kalmayacak, aynı zamanda ekosistem sağlığını da yeniden tesis edecektir.
Yüzey suyu kirliliğinin tehdidinin yanı sıra, Avrupa iklim değişikliğini de göz önünde bulundurmak zorundadır; çünkü bu durum su güvenliğini daha da zorlaştırmaktadır. Artan sıcaklıklar, değişen yağış düzenleri ve bitkisel kuraklık dönemleri, özellikle Güney Avrupa’da su stresinin artmasına neden olmaktadır. Nehirler ve göller gibi su kütleleri burada daha hızlı kirlenmekte ve su kalitesi daha da bozulmaktadır.