Mahkemeye göre, bakan Avrupa mevzuatı gereği ekonomik hususları (çiftçilerin talep ettiği gibi) dikkate alamazdı, sadece ekolojik ve doğa bilimsel kriterleri göz önünde bulundurabilirdi. Mahkeme, habitatların Natura2000 mevzuatı yürürlüğe girdiğinde zaten kayda geçirildiğini, ancak doğal durumlarının son yıllarda bozulmuş olabileceğini değerlendirdi.
Böyle bir durumda, eğer bozulma yasağı ihlal edilirse ve bakanlık buna müdahale etmezse, hükümet Avrupa Birliği tarafından yükümlülüklerini yerine getirmemekle suçlanabilir.
Bakanlık kararına karşı Hollanda genelinde birçok kişi farklı mahkemelere başvuruda bulundu. Arnhem Mahkemesi Mart ortasında yaklaşık 70 davayı çeşitli oturumlarda karara bağladı. Başvuruların çoğu, güncellemenin sonuçlarından endişe duyan çiftlik işletmelerinden geldi. Ayrıca, Vereniging Leefmilieu (Çevre Derneği) Natura 2000 alanlarının korumasının geri alınmaması için görüş bildirdi.
Mahkeme kararında, (çiftçi) işletmelerin, bu kararın işletmeleri üzerindeki etkisi konusunda endişeli olduklarının farkında olduğunu belirtti. Birçoğu Natura 2000 alanlarının belirlenmesinin bu kadar büyük etkisi olacağını önceden fark etmediklerini ifade etti.
Çiftlik işletmeleri ayrıca şu anda azot sorunu nedeniyle büyük bir baskı altında olduklarını ve özellikle tarım sektörünün bundan orantısız zarar gördüğünü düşünüyor. Tartışmalı değişiklik kararı, önceden belirlenen Natura 2000 bölgelerinin daha sonra değiştirilebileceğini gösterdiği için bunun iyi bir örneği olarak kabul ediliyor.
Son kararda mahkeme hükümet kararını geçerli kıldı. Çünkü bakan, Avrupa hukukundan kaynaklı olarak Natura 2000 alanlarındaki yaşam alanlarının ve türlerin (korumasını) doğru şekilde sağlamakla yükümlüdür. Güncel ekolojik veriler esas alındığında türler veya yaşam alanları belirlenmemişse, bakan bu önceki kararı düzeltmek zorundadır.
Bakanın daha önce yapması gereken ise habitat tipleri haritalarını incelemeye açmasıydı. Bu yapılmadı. Yine de bu durum davaların sonucunu değiştirmedi çünkü habitat tipleri haritaları dava dosyalarında zaten mevcuttu ve çiftçiler yaklaşık bir yıl boyunca bunlara yanıt verebildi. Çoğu (çiftçi) işletme bunu yapmadı.