Avrupa Komisyonu'nun önerdiği düzenlemenin özü, NGT tekniklerinin iki kategoriye ayrılmasıdır. Genetik değişikliğin doğada mutasyon yoluyla da ortaya çıkabileceği bitkiler ve doğal gıdalar artık genetik olarak değiştirilmiş gıda olarak sınıflandırılmayacak. Ancak diğer tüm NGT bitkiler hala genetik olarak değiştirilmiş organizmalar (GDO) kurallarına tabi olacak.
Ancak AB ülkelerinin şu anda vardığı görüş, GDO teknolojisi ile işlenmiş gıdalarda 'bildirim yükümlülüğü' gibi bazı kritik noktaları çözmek için henüz bir tercih yapmamaktadır. AB ülkeleri, bazı yeni tekniklerin kullanımını üye ülkelere bırakacak şekilde bir muafiyet olasılığı tanıyarak bu tercihten kaçınıyorlar.
Konseyin uzlaşması, AB ülkelerine ikinci kategori NGT bitkilerinin kendi topraklarında yetiştirilmesini yasaklama hakkı veriyor. Ayrıca bu bitkilerin hem kendi sınırları içinde hem sınırları aşarak yayılmasını önlemek için önlemler alabilirler. Almanya ise böylesi istisnai kuralları kabul etmiyor.
AB ülkelerinin çoğunluğunun şu anki tutumuna yönelik eleştiriler, Avrupa Parlamentosu'ndaki Yeşil milletvekilleri arasında yer almakta. Alman Martin Häusling teklifi 'radikal bir deregülasyon' olarak nitelendirdi ve etiketleme, izlenebilirlik ile sorumluluk alanlarındaki eksiklikleri eleştirdi.
AB ülkelerinin müzakere yetkisiyle artık Avrupa Parlamentosu ve Avrupa Komisyonu ile üçlü müzakereler (trilojik görüşmeler) başlayabilir. Üç kurum arasında uzlaşma sağlandığında düzenleme kabul edilip yürürlüğe girebilir.
Avrupa Parlamentosu daha önce özellikle etiketleme ve patent hakları konusunda daha sıkı düzenlemeler talep etmişti. Özellikle organik tarım ve GDO'suz üretim sistemleri risk altında bulunuyor. Mevcut Komisyon teklifi, genetik manipülasyonun yan yana varlığını düzenleyen organik ve konvansiyonel tarım kurallarını kaldırıyor.