Суть запропонованого Європейською Комісією регулювання полягає у поділі технологій NGT на дві категорії. Рослини та натуральні продукти, генетичні зміни в яких можуть виникати також природним шляхом через мутації, більше не класифікуються як генетично модифіковані продукти. Втім, усі інші NGT-рослини мають залишатися підпорядкованими правилам щодо генетично модифікованих організмів.
Проте нинішня позиція країн ЄС не робить чіткий вибір щодо вирішення кількох спірних питань, наприклад, не вирішено включення «зобов’язання повідомляти» на етикетках у разі обробки продукту за допомогою ГМО-технологій. Країни ЄС ухиляються від цього вибору, забезпечуючи можливість opt-out, що дозволяє кожній країні самостійно вирішувати питання дозвільної політики щодо деяких нових технологій.
Компроміс Ради дає країнам ЄС право забороняти вирощування рослин другої категорії NGT на своїй території. Вони також можуть вживати заходів для запобігання поширенню цих рослин як у межах власних кордонів, так і за їх межами. Німеччина не погоджується з таким винятковим правилом.
Критика на адресу нинішньої позиції більшості країн ЄС надходить, зокрема, від депутатів Зелених у Європейському парламенті. Німецький депутат Мартін Гаузлінг описав пропозицію як «радикальну дерегуляцію» та розкритикував відсутність вимог у сфері маркування, відстеження та відповідальності.
З мандатом на переговори від країн ЄС можуть початися трилогові переговори з Європейським парламентом і Європейською Комісією. Лише після досягнення згоди між трьома інституціями регуляція може бути прийнята та набрати чинності.
Раніше Європейський парламент виступав за жорсткіше регулювання, особливо у сферах маркування та патентного права. Особливий ризик існує для органічного землеробства та виробництва без ГМО. Нинішня пропозиція Комісії скасовує правила співіснування органічного та традиційного сільського господарства з генетичною маніпуляцією.