بایو ایندھن کو فوسل ایندھن کے متبادل کے طور پر سمجھا جاتا ہے تاکہ ٹرانسپورٹ اور نقل و حمل کے شعبے کے گرین ہاؤس گیسوں کو کم کیا جا سکے۔ گزشتہ دس سالوں میں، EU نے بایو ایندھن کو فروغ دینے کے لیے تقریباً 430 ملین یورو کی سبسڈی دی ہے۔ لیکن لیبارٹری تحقیق سے بڑے پیمانے پر پیداوار کی منتقلی نہیں ہو سکی اور یہ عمل کئی سالوں تک جاری رہ سکتا ہے۔
طویل عرصے سے ایک توقع یہ تھی کہ زرعی اور باغبانی کی مصنوعات نئے، ماحول دوست ایندھن کے لیے خام مال ہو سکتی ہیں۔ فی الحال پیدا ہونے والے بایو ایندھن زیادہ تر عام پیٹرول، ڈیزل، اور کیروسین کے ساتھ مکسچر کے طور پر استعمال ہوتے ہیں، اور وہ بھی بہت محدود مقدار میں۔
مزید برآں، مناسب بایوماس کی دستیابی بایو ایندھن کے استعمال کو محدود کرتی ہے۔ یورپی کمیشن کا توقع تھی کہ بایو ایندھن کو فروغ دینے اور استعمال کرنے سے EU کی توانائی کی خودمختاری بڑھے گی۔ لیکن حقیقت میں بہت سا خام مال تیسرے ممالک سے درآمد کیا جاتا ہے (مثلاً چین، برطانیہ، ملیشیا اور انڈونیشیا سے استعمال شدہ تلنے اور فرائی کرنے والی تیل کی درآمد)۔