Những nguồn ô nhiễm chính là phân bón và hóa chất từ nông nghiệp, làm ô nhiễm nước với các chất dinh dưỡng như nitơ và phốt pho, dẫn đến hiện tượng phú dưỡng. Bên cạnh đó, nước thải công nghiệp góp phần làm ô nhiễm hóa học các con sông, hồ và vùng nước ven biển.
Những thay đổi cấu trúc trong các tuyến đường thủy, như đập và việc điều chỉnh dòng chảy, cũng góp phần vào sự suy thoái sinh thái, theo một báo cáo mới của Cơ quan Môi trường EU.
Nước mặt được coi là rất quan trọng để duy trì đa dạng sinh học, nhưng ở nhiều vùng ở Bắc Tây Âu (bao gồm Bỉ, Hà Lan và Đức), chất lượng trên 90% các vùng nước được mô tả là trung bình, kém hoặc rất kém.
Việc xem xét lại các chỉ thị của EU về ô nhiễm đất và xử lý hiện tượng rửa trôi hóa chất vì vậy là cực kỳ quan trọng. Việc xem xét lại chỉ thị khung này không chỉ nhằm cải thiện chất lượng nước mà còn phục hồi sức khỏe hệ sinh thái.
Bên cạnh sự đe dọa do ô nhiễm nước mặt, châu Âu còn phải tính đến biến đổi khí hậu, khiến sự an toàn về nguồn nước càng chịu áp lực thêm. Nhiệt độ tăng, các mẫu mưa thay đổi và các đợt hạn hán thực vật dẫn đến gia tăng căng thẳng nguồn nước ở nhiều vùng, đặc biệt là ở Nam Âu. Các vùng nước như sông và hồ ở đó bị ô nhiễm nhanh hơn, làm giảm chất lượng nước hơn nữa.