Những nguồn ô nhiễm chính là phân bón và hóa chất từ nông nghiệp, làm ô nhiễm nước với các chất dinh dưỡng như nitơ và phốt pho, dẫn đến hiện tượng phú dưỡng. Bên cạnh đó, nước thải công nghiệp góp phần làm ô nhiễm hóa học các con sông, hồ và vùng nước ven biển.
Những thay đổi cấu trúc trong các tuyến đường thủy, như đập và việc điều chỉnh dòng chảy, cũng góp phần vào sự suy thoái sinh thái, theo một báo cáo mới của Cơ quan Môi trường EU.
Nước mặt được coi là rất quan trọng để duy trì đa dạng sinh học, nhưng ở nhiều vùng ở Bắc Tây Âu (bao gồm Bỉ, Hà Lan và Đức), chất lượng trên 90% các vùng nước được mô tả là trung bình, kém hoặc rất kém.

