Nhiên liệu sinh học được xem là một sự thay thế cho nhiên liệu hóa thạch nhằm giảm phát thải khí nhà kính từ ngành vận tải. Trong thập kỷ qua, EU đã chi khoảng 430 triệu euro để trợ cấp thúc đẩy nhiên liệu sinh học. Tuy nhiên, việc chuyển từ nghiên cứu trong phòng thí nghiệm sang sản xuất quy mô lớn vẫn chưa thành hiện thực và có thể còn kéo dài nhiều năm nữa.
Một trong những kỳ vọng lâu nay là các sản phẩm tự nhiên từ nông nghiệp có thể trở thành nguyên liệu thô cho nhiên liệu mới thân thiện với môi trường. Cho đến nay, nhiên liệu sinh học được sản xuất chủ yếu để pha trộn với xăng, diesel và dầu hỏa thông thường, nhưng chỉ với tỉ lệ rất hạn chế.
Hơn nữa, sự hạn chế về nguồn sinh khối phù hợp cũng giới hạn việc sử dụng nhiên liệu sinh học. Ủy ban Châu Âu kỳ vọng việc thúc đẩy và sử dụng nhiên liệu sinh học sẽ tăng tính độc lập năng lượng của EU. Nhưng thực tế là nhiều nguyên liệu chủ yếu được nhập khẩu từ các quốc gia thứ ba (ví dụ, nguyên liệu từ dầu chiên đã qua sử dụng nhập khẩu từ Trung Quốc, Vương quốc Anh, Malaysia và Indonesia).
Kiểm toán Châu Âu kết luận rằng chính sách của châu Âu chưa thành công trong việc thúc đẩy sản xuất và đầu tư vào ngành mới này. Ngành hàng không có thể trở thành người tiêu dùng lớn nhiên liệu sinh học, và EU đã đưa ra các quyết định liên quan. Mức nhiên liệu bay bền vững cần đạt vào năm 2030 là 2,76 triệu tấn dầu quy đổi trong khi công suất sản xuất tiềm năng hiện tại chỉ đạt khoảng một phần mười con số đó.
Tương lai nhiên liệu sinh học trong giao thông đường bộ cũng trở nên không rõ ràng trong những năm gần đây. Sự tập trung lớn vào chuyển sang xe điện, kết hợp với việc cấm xe xăng và diesel mới vào năm 2035, cũng có thể đồng nghĩa với việc nhiên liệu sinh học khó có thể được áp dụng rộng rãi trên các phương tiện đường bộ tại EU.