Theo tòa án, bộ trưởng không được phép cân nhắc các yếu tố kinh tế theo luật châu Âu (như nhóm nông dân yêu cầu), mà chỉ được phép xem xét các yếu tố sinh thái và tự nhiên. Tòa án nhận định các môi trường sống đã được đưa vào khi luật Natura2000 được ban hành, nhưng tình trạng tự nhiên của chúng có thể đã suy giảm trong những năm gần đây.
Trong trường hợp đó, chính phủ thậm chí có thể bị Liên minh Châu Âu khiển trách nếu vi phạm lệnh cấm suy giảm môi trường sống và bộ trưởng không có hành động gì để ngăn chặn.
Có rất nhiều đơn kháng cáo đối với quyết định của bộ trưởng trên khắp Hà Lan gửi đến nhiều tòa án khác nhau. Tòa án Arnhem đã xét xử khoảng 70 vụ việc vào giữa tháng Ba qua nhiều phiên tòa. Phần lớn đơn kháng cáo được gửi bởi các công ty nông nghiệp lo ngại về hậu quả của việc cập nhật này. Hội Khu vực Sống cũng đã gửi phản hồi nhằm ngăn chặn việc giảm nhẹ mức độ bảo vệ các khu vực Natura 2000.
Tòa án trong phán quyết cho biết nhận thức rằng các công ty (nông nghiệp) đang lo ngại về tác động của quyết định này đối với doanh nghiệp của họ. Nhiều người trong số họ trước đây không nhận ra rằng việc chỉ định các khu vực Natura 2000 lại có ảnh hưởng lớn như vậy.
Hơn nữa, các công ty nông nghiệp hiện đang chịu áp lực rất lớn từ vấn đề ô nhiễm nitơ và cho rằng việc khu vực nông nghiệp trở thành bên chịu thiệt hại là không hợp lý. Quyết định thay đổi gây tranh cãi này là một ví dụ điển hình, bởi nó cho thấy các khu vực Natura 2000 đã được chỉ định trước đó có thể được điều chỉnh lại sau khi được công bố.
Trong phán quyết cuối cùng, tòa án giữ nguyên quyết định của chính phủ. Lý do là vì bộ trưởng theo luật châu Âu bắt buộc phải đảm bảo rằng việc bảo vệ các môi trường sống và loài sinh vật trong khu vực Natura 2000 là chính xác. Nếu dựa trên dữ liệu sinh thái mới nhất cho thấy các loại môi trường sống hoặc loài sinh vật chưa được đưa vào, bộ trưởng có nghĩa vụ phải sửa đổi chỉ định trước đó.
Bộ trưởng đáng lẽ phải công khai các bản đồ loại môi trường sống trước đó. Tuy nhiên, bộ trưởng đã không làm điều này. Dù vậy, điều này không ảnh hưởng tới kết quả các vụ kiện vì các bản đồ loại môi trường sống vẫn được cung cấp trong các vụ kiện, tạo cơ hội cho nông dân phản hồi trong hơn một năm qua. Phần lớn các công ty (nông nghiệp) không tận dụng cơ hội này để phản hồi.