Đặc biệt, việc sử dụng hóa chất trong nông nghiệp đang bị chỉ trích.
Ủy ban châu Âu cho rằng các biện pháp hiện tại chống ô nhiễm nước là chưa đủ. Theo nhiều nghiên cứu, nitrat và các hóa chất nông nghiệp khác là những nguyên nhân chính gây ra chất lượng nước kém. Đặc biệt, ở những vùng có nông nghiệp quy mô lớn, các con sông, hồ và nước ngầm bị ô nhiễm nghiêm trọng.
Vì lý do đó, Ủy ban muốn thắt chặt Chỉ thị về Nitrat hiện có. Trong đề xuất cũng kêu gọi giảm mức tiêu thụ nước xuống 10% vào năm 2030. Ủy ban lưu ý về các vấn đề hạn hán ngày càng tăng ở châu Âu và cảnh báo về những hậu quả có thể xảy ra đối với an ninh lương thực và đa dạng sinh học.
Đề xuất này, theo nhiều nguồn tin, đang gây tranh cãi trong Nghị viện châu Âu. Đặc biệt, tại ủy ban nông nghiệp và các tổ chức đại diện lợi ích nông nghiệp dự kiến sẽ có phản đối mạnh mẽ. Họ lo ngại các quy định môi trường nghiêm ngặt hơn sẽ gây thiệt thòi cho người nông dân và gây áp lực lên sản xuất thực phẩm.
Một điểm tranh cãi khác là sự nhạy cảm về chính trị liên quan đến các luật môi trường và khí hậu trong Thỏa thuận Xanh. Theo Politico, các thành viên của nhóm chính đảng EVP, lớn nhất trong Nghị viện châu Âu, đã yêu cầu loại bỏ mọi tham chiếu đến Thỏa thuận Xanh trong dự thảo báo cáo về quản lý nước – thậm chí từ "Green Deal" cũng không được phép nhắc đến.
Chỉ trích từ nghị viện không chỉ giới hạn ở nội dung. Theo các báo cáo, còn có phản đối về cách truyền thông của Ủy ban châu Âu: họ trình bày các đề xuất như là kỹ thuật và cần thiết, trong khi các hệ quả đối với nông nghiệp và kinh tế mang tính chính trị cao.
Nhiều nguồn tin nhận thấy xu hướng gia tăng khi mà các lợi ích ngắn hạn như tăng trưởng kinh tế và cung cấp thực phẩm dường như được ưu tiên hơn các biện pháp dài hạn về bền vững. Tuy nhiên, Ủy ban nhấn mạnh rằng việc không hành động sẽ làm tăng nguy cơ hạn hán nghiêm trọng và thiệt hại môi trường.
Tuy nhiên, dường như Ủy ban châu Âu vẫn kiên quyết theo đuổi đề xuất này. Họ nhấn mạnh đến các cam kết trước đây của các quốc gia EU về bảo vệ môi trường tốt hơn mà đến nay vẫn chưa được thực hiện đầy đủ. Hiện chưa rõ đề xuất cuối cùng sẽ được chấp nhận dưới hình thức nào. Rõ ràng là quản lý nước ngày càng trở thành một ưu tiên quan trọng trên chương trình nghị sự tại Brussels.