Cốt lõi của quy định do Ủy ban châu Âu đề xuất là phân loại các kỹ thuật NGT thành hai loại. Các cây trồng và thực phẩm tự nhiên có biến đổi di truyền có thể xảy ra do đột biến tự nhiên sẽ không còn được xếp vào loại thực phẩm biến đổi gen. Tuy nhiên, tất cả các cây trồng NGT khác vẫn phải tuân theo quy định về sinh vật biến đổi gen.
Tuy nhiên, quan điểm hiện nay của các nước EU vẫn chưa đưa ra quyết định để giải quyết một số vấn đề nhạy cảm, chẳng hạn như bắt buộc ghi nhãn trên bao bì nếu thực phẩm được xử lý bằng kỹ thuật GMO. Các nước EU né tránh lựa chọn này bằng cách đưa vào khả năng từ chối cho phép, theo đó quyền cho phép một số kỹ thuật mới được để cho các nước tự quyết định.
Thỏa hiệp của Hội đồng cho phép các nước EU cấm trồng cây NGT loại hai trên lãnh thổ của mình. Họ cũng có thể áp dụng các biện pháp ngăn chặn việc lan truyền các cây trồng này cả trong nội bộ lẫn qua biên giới. Đức không đồng ý với quy định ngoại lệ này.
Chính trị gia xanh trong Nghị viện châu Âu đã chỉ trích quan điểm hiện tại của đa số các nước EU. Người Đức Martin Häusling mô tả đề xuất này là 'nới lỏng quy định triệt để' và chỉ trích việc thiếu các yêu cầu về ghi nhãn, truy xuất nguồn gốc và trách nhiệm pháp lý.
Với quyền đàm phán được giao, các cuộc đối thoại ba bên giữa Nghị viện châu Âu và Ủy ban châu Âu có thể bắt đầu. Chỉ khi ba thể chế đạt được thỏa thuận, quy định này mới có thể được thông qua và có hiệu lực.
Nghị viện châu Âu trước đó đã kêu gọi quy định nghiêm ngặt hơn, đặc biệt trong lĩnh vực ghi nhãn và quyền bằng sáng chế. Đặc biệt, nông nghiệp hữu cơ và các hệ thống sản xuất không GMO đang có nguy cơ cao. Đề xuất hiện tại của Ủy ban châu Âu sẽ loại bỏ các quy định cho sự cùng tồn tại của nông nghiệp hữu cơ và canh tác thông thường với biến đổi gen.