Cốt lõi của quy định do Ủy ban châu Âu đề xuất là phân loại các kỹ thuật NGT thành hai loại. Các cây trồng và thực phẩm tự nhiên có biến đổi di truyền có thể xảy ra do đột biến tự nhiên sẽ không còn được xếp vào loại thực phẩm biến đổi gen. Tuy nhiên, tất cả các cây trồng NGT khác vẫn phải tuân theo quy định về sinh vật biến đổi gen.
Tuy nhiên, quan điểm hiện nay của các nước EU vẫn chưa đưa ra quyết định để giải quyết một số vấn đề nhạy cảm, chẳng hạn như bắt buộc ghi nhãn trên bao bì nếu thực phẩm được xử lý bằng kỹ thuật GMO. Các nước EU né tránh lựa chọn này bằng cách đưa vào khả năng từ chối cho phép, theo đó quyền cho phép một số kỹ thuật mới được để cho các nước tự quyết định.
Thỏa hiệp của Hội đồng cho phép các nước EU cấm trồng cây NGT loại hai trên lãnh thổ của mình. Họ cũng có thể áp dụng các biện pháp ngăn chặn việc lan truyền các cây trồng này cả trong nội bộ lẫn qua biên giới. Đức không đồng ý với quy định ngoại lệ này.

