Danh tính của mười ba nhân chứng trong vụ án MH17 sẽ được giữ bí mật. Theo thẩm phán điều tra, những nhân chứng này có quyền được bảo vệ vì họ có thể cảm thấy bị đe dọa hoặc gặp nguy hiểm. Theo Viện công tố, "có những rủi ro đáng kể đối với các nhân chứng".
Về tình trạng của những 'nhân chứng ẩn danh' này chưa được tiết lộ nhiều. Chẳng hạn, không rõ họ hiện còn sống ở Ukraine hay Nga, hay họ đã được hỗ trợ của Hà Lan chuyển đến nơi khác sinh sống. Lời khai của họ là rất quan trọng trong việc tạo dựng bằng chứng chống lại bốn bị cáo hiện tại, và có thể cả các bị cáo mới trong tương lai.
Cũng chưa rõ liệu những nhân chứng ‘ẩn danh’ này có được hưởng mức bảo vệ tương tự như ‘nhân chứng hoàng kim’ trong các vụ án hình sự lớn thông thường của Hà Lan hay không. Trong một số trường hợp, những nhân chứng hoàng kim được hưởng khoản bồi thường tài chính (rộng rãi) cho thu nhập bị mất hoặc tổn thất đã chịu, hoặc thậm chí có thể được cấp danh tính khác và được bảo vệ.
Đáng chú ý là hầu hết các nhân chứng được bảo vệ đều mới được thẩm vấn vào năm 2019. Cuộc thẩm vấn diễn ra bởi một thẩm phán điều tra người Hà Lan ('thẩm phán nghiên cứu'). Lời khai của họ được ghi hình lại bằng video, trong đó nhân chứng được làm mờ mặt để không nhận dạng được. Trong các cuộc thẩm vấn này, ba công tố viên Hà Lan ('các công tố viên') và luật sư của các bị cáo ('bên bào chữa') không được phép có mặt.
Đối với một nhân chứng, yêu cầu giữ bí mật danh tính đã bị tòa án bác bỏ. Thẩm phán điều tra cho rằng nhân chứng này có thể cảm thấy bị đe dọa vì lời khai của mình, nhưng về mặt thực tế không thể đảm bảo việc ẩn danh nhân chứng đó. Ý nghĩa và nội dung cụ thể của điều này vẫn chưa rõ. Cũng chưa biết liệu nhân chứng này có phải ra tòa hay không.
Ba công tố viên đã yêu cầu tòa án soạn thảo một ‘bản tóm tắt’ của cuộc thẩm vấn bằng video với nhân chứng M58. Người này gần đây tự tiết lộ danh tính của mình nhưng trong quá trình tố tụng vẫn được coi là nhân chứng ẩn danh. Theo công tố viên, bị cáo đó chính là người có mặt lúc bắn tên lửa BUK và đã nhìn thấy và nói chuyện với một số quan chức Nga.
Các công tố viên cũng muốn tiếp tục thẩm vấn năm nhân chứng ẩn danh khác. Nếu cần, việc này có thể thực hiện lại một cách ẩn danh qua thẩm phán điều tra, miễn là công tố viên và luật sư của các bên trước đó gửi câu hỏi bằng văn bản. Qua đó, họ có thể khiến phần lớn bằng chứng liên quan được công khai. Điều này cũng giúp phần nào bác bỏ cáo buộc rằng phần lớn bằng chứng là ẩn danh và vì vậy có thể là ‘đáng ngờ’.
Nhóm bảy luật sư đại diện cho các thân nhân nạn nhân cũng đã trình bày trước tòa rằng phần lớn bằng chứng nên được công khai hơn nữa. Điều này giúp các gia đình đang đau buồn hiểu rõ hơn chính xác những gì đã xảy ra vào ngày định mệnh 17 tháng 7 năm 2014.
Viện công tố còn muốn tòa án MH17 tại sân bay Schiphol tới xem lại bản dựng tái hiện chiếc máy bay Malaysia bị bắn rơi. Các mảnh vỡ của chiếc máy bay rơi ở miền Đông Ukraine đã được chuyển sang Hà Lan phục vụ điều tra JIT năm 2015 và hiện đang nằm trong trạng thái bán hư hỏng được tái dựng lại trong một nhà kho của căn cứ không quân Gilze-Rijen.
Ba công tố viên đã đề xuất việc xem xét này trong ngày làm việc thứ hai của phiên tòa xét xử bốn bị cáo. Theo họ, việc cho các thẩm phán tự mình chứng kiến sẽ giúp họ "hình dung toàn diện về mức độ thiệt hại". Viện công tố mong tòa án nhanh chóng quyết định xem có tổ chức việc xem xét này hay không. Có thể điều này sẽ diễn ra vào tháng 6, khi phần thứ hai của phiên tòa bắt đầu. Khối xét xử thứ ba dự kiến vào đầu tháng 9, và giai đoạn thứ ba vào tháng 2 năm sau.